云南产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌耐药性、毒力及适应性研究

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近年来,因为大量使用碳青霉烯类药物,导致耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌在世界各地的进化和传播。尤其是其中的产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌(Carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae,CPKP)引发的感染常无药可治,已成为临床上严峻的挑战。云南地处于经济和医疗条件有限的中国西南地区且毗邻CPKP流行的印度次大陆,其CPKP的流行状况具有典型的地域模式,所以监控西南地区尤其是昆明的耐药菌变化形势十分必要。本研究采用多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)等方法确定其药敏性和遗传关系,利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术检测菌株的基因多态性,并通过染色体步移技术(genome walking)和高通量测序来解析目的基因结构,通过全基因组测序对目的菌株的分子遗传背景进行分析研究。最后将目的菌株与线虫互作检测其毒力大小,并通过观察记录不同菌株在不同抗生素浓度环境下的生长情况对其适应性作初步研究。有助于提高对CPKP菌株流行现状以耐药因子的认知,为未来CPKP综合防治和靶向药物开发提供理论基础。主要结果如下:(1)2011–2013年从昆明医科大学第二附属医院收集到41株肺炎克雷伯菌分离株,所有分离株都对测试的β-内酰胺/β-内酰胺酶抑制剂组合、头孢烯类、碳青霉烯类和叶酸途径抑制剂具有抗性。bla KPC-2基因(产生碳青霉烯酶水解相关抗生素的耐药基因)在34个(83%)分离株中检测到,bla NDM-1(产生β-内酰胺酶水解相关抗生素的耐药基因)基因在3个(7%)分离株KP67、KP72、KP82中检测到。(2)MLST分析揭示了5种不同的序列类型(Sequence type,以细菌7个看家基因作为遗传标记而获得的一组基因型组合类型):ST11(34株,83%)、ST290(3株,7%)、ST340(1株)、ST395(2株)和ST437(1株),所有bla KPC-2阳性分离株均为ST11。在三种不同的ST类型ST290、ST395和ST437中发现了三个bla NDM-1阳性分离物。(3)使用PCR-RFLP技术检测不同菌株的基因多态性,结果表明,除KP29外,所有bla KPC-2结构都高度相似。在除ST11之外的其他ST组中未发现bla KPC-2,这表明bla KPC-2质粒的水平传递受到限制。(4)对KP21、KP29、KP65、KP67、KP72、KP82共6株菌进行全基因组测序,基因组长度范围1,049,428,229bp-1,476,835,866bp,每株菌含有质粒在3-7个不等,质粒序列长度范围2,469bp-258,415bp,GC含量范围44.62%-55.62%。并对抗性质粒进行比较基因组分析,以及流行病学分析。揭示了说明中国西南地区的肠杆菌碳青霉烯抗性质粒传递可能是来源于东南沿海,暗示中国NDM起源途径可能来源于跨国交流并在国内发生传递。(5)挑选含有不同耐药基因及不同基因型组合类型的菌株与线虫互作观察其毒力,我们发现对照组在不含有耐药基因的情况下,致使线虫死亡的时间最快,其毒力最强。含有双抗性基因的一组线虫存活时间最长,同一时间检测所得出的线虫存活率最高。其次是只含有KPC基因的分组,含有NDM基因的分组相较于其他有抗性分组,其线虫死亡反而更快。ST11分型的菌株相较于其他分型对线虫的毒力最低,同一时间检测所得出的线虫存活率最高。其次是ST290,ST437与对照组相比,线虫全部死亡时间相似,但在同一时间的检测中,其对线虫的毒力都要更低。(6)含有双基因的菌株明显更具有在高浓度抗生素的恶劣环境下生长的优势,其耐药性相对更强,KPC型菌株适应恶劣环境的能力似乎比NDM型菌株更强。ST11型菌株能快速达到生长稳定期,其适应环境的能力相比起其他分型在本文中相对更强。
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