目的：分别用基因芯片技术与传统药敏法（比例法药物敏感性试验）检测结核分枝杆菌（MTB）对异烟肼（INH）和利福平（RFP）的耐药性，并对两种方法的一致性进行对比研究，同时分析结核分枝杆菌对异烟肼和利福平耐药相关基因的突变特征。为内蒙古地区异烟肼和利福平耐药快速检测方法的应用提供一定的科学依据。　　方法：收集2013年1月至2014年5月内蒙古自治区结核病参比实验室登记在册的涂阳痰标本526例，利用罗氏固体培养法对结核分枝杆菌进行传统药敏试验；利用晶芯结核分枝杆菌耐药基因检测试剂盒对结核分枝杆菌INH和RFP耐药相关基因katG（315位）、inhA（-15位）和rpoB（511、513、516、526、531、533位）进行检测。将具有完整异烟肼和利福平耐药和敏感结果的343例标本利用SPSS13.0软件对数据进行统计学分析。　　结果：1、两种检测方法一致性分析：（1）、异烟肼耐药性检测：经比例法检测耐药率为31.78％（109/343），基因芯片技术检测耐药率为27.41%（94/343），两种方法比较，P＜0.05，有显著性差异；Kappa值为0.87；灵敏度和特异度分别为84.40%和99.15%；阳性预测值和阴性预测值分别为97.87%和93.17%。（2）利福平耐药性检测：经比例法检测耐药率为26.82%（92/343），基因芯片技术检测耐药率为25.95%（89/343），两种方法比较，P=0.51>0.05，无显著性差异；Kappa值为0.93，两种方法具有很好的一致性；灵敏度和特异度分别为93.48%和98.8%；阳性预测值和阴性预测值分别为96.63%和97.64%。（3）、MDR-TB检测：两种检测法对INH和RFP同时耐药率分别为44.96%（58/129）、55.04%（71/129），基因芯片技术检测准确率81.69%（58/71）。2、耐药相关基因突变特征分析：收集的526例涂阳痰标本中，经基因芯片技术共检测出异烟肼耐药107例，利福平耐药120例。（1）异烟肼耐药相关基因：katG315基因发生突变占72.90%，inhA基因发生突变占28.97%，katG315和inhA两种基因同时突变占1.87%。（2）利福平耐药相关基因：检测rpoB基因突变位点为rpoB531（53.33%）、rpoB526（18.34%）、rpoB516（9.16%）、rpoB511（5%）、rpoB533（3.33%）、rpoB513（2.5%），双位点或多位点突变率为8.33%，分别为531、516（2.5%），516、511（1.67%），526、513（0.83%），516、533（0.83%），531、533（0.83%），516、511、513（0.83%），531、511、516、513（0.83%）。　　结论：在内蒙古地区，基因芯片技术作为一种新兴的分子生物学诊断技术，在与传统药敏法对结核分枝杆菌耐药性检测比较方面，具有较好的一致性；基因芯片技术对早期、快速筛选和诊断耐药结核，具有较高的可靠性。异烟肼耐药基因位点集中在katG315基因突变；利福平耐药基因位点集中在rpoB531、rpoB526 rpoB516，rpoB511。