目的：本研究旨在了解南京市六合区城市医院和农村医院门诊处方药物使用情况,建立基础本底资料,为进一步制订合理用药干预措施提供依据,为进一步建立合理用药可持续发展提出政策建议。方法：本研究采取分层抽样的方法,从南京市六合区医院中抽取2家城市医院、2家乡镇医院,以WHO/INRUD《医疗单位合理用药调研方法及指标》为工具,从每家样本医院2009年7月至2010年6月的门诊处方中,抽取每月15号的全天处方,从中随机抽取20个就诊人次的处方,12个月共计960个就诊人次的处方；随机选择样本医院普通门诊就医的患者,按预先设计好的问卷逐项现场进行调查。建立数据库,用Excel2003和SPSS统计软件进行统计分析。结果：城市医院及乡镇医院平均用药品种数分别为2.47种和3.04种；非专利药名所占比例分别为86.21%和93.77%；抗生素应用率分别为39.62%和54.78%；注射剂应用率分别为35.48%和45.93%；基本药物应用率分别为81.64%和87.70%；平均就诊时间分别为6.59分和7.09分；平均调配时间分别为14.2秒和25.6秒；药品标示完整率分别为97.8%和93.6%；患者了解正确用法百分率分别为93.8%和84.5%；患者满意度分别为82.9%和76.3%；每张处方的药品平均金额分别为142.31元和47.68元。结论：本次研究抽查的医疗机构均存在一定程度的不合理用药情况,要解决不合理用药问题,需要进一步加强干预,以提高合理用药水平。