从上世纪八十年代至今,我国农民专业合作社已有三十四年的发展。农民专业合作社作为农民联合起来进入市场的一种制度安排,被称为我国农业产业发展的二次飞跃,是增加农民收入的重要手段。事实上合作社的发展并非一帆风顺,在发展过程中一直都伴随着一些难题,如合作社融资困难、技术人才不足、社员缺乏向心力与凝聚力以及无创新等。直到2007年7月1日,《中华人民共和国农民专业合作社法》(下文简称“合作社法”)的正式实施才给合作社确定了法人地位。但是合作社法在合作社治理机制方面的相关规定仍欠缺,比如对社员投入比例的规定、会计审核制度以及利益分配制度等。合作社内部设置的社员大会、理事会以及监事会等监督机构在实际运作中并没有发挥其最大作用,甚至还存在由于部分核心人员控制合作社的经营权而导致社员积极性不高的现象。农民专业合作社治理机制的不完善与市场环境的不成熟,直接导致合作社发展缓慢的现状的发生,并阻碍着农业产业的进步。改善合作社的发展现状,需要不断学习经验,吸取教训,在实践中完善合作社治理机制并合理评价合作社综合效率,论文在我国农民专业合作社治理理论基础上分析了合作社法规机制、管理机制、社会机制,构建了合作社效率评价指标体系,并运用BP神经网络模型及GA-BP神经网络模型对57家合作社进行了模拟仿真。论文包括五章,具体内容如下：第一章：绪论。本章首先介绍了论文的研究背景、研究目的以及研究意义；然后从农民专业合作社的形成与作用、制度安排与治理问题以及效率研究这三方面介绍了国内外研究现状,明确了论文研究内容、研究方法和技术路线；最后介绍了论文创新点与不足之处。第二章：农民专业合作社相关概念及现状分析。本章主要介绍了农民专业合作社及其治理机制和效率的含义,梳理了论文中涉及合作社治理机制的基础理论,并对合作社发展现状进行了分析。第三章：农民专业合作社治理机制及其耦合机理分析。本章首先介绍了农民专业合作社的治理目标,然后介绍了法规机制、管理机制、社会机制的特点及其在合作社治理过程中的作用和不足之处,并进一步分析了法规机制、管理机制和社会机制之间的耦合关系。第四章：农民专业合作社效率评价指标体系及模型的建立。本章首先介绍了合作社效率评价的主要原则；然后重点分析了治理机制和治理结果的评价指标体系,利用57家合作社的样本数据,建立了BP神经网络模型,其中50家合作社的数据用来训练网络,剩余7家数据用来做仿真预测；接着使用遗传算法改进的BP神经网络模型对样本进行同样的处理；最后比较两种模型的仿真结果,并分析导致结果差异的原因。第五章：结论与建议。本章主要根据合作社的治理现状及模型结果,对全文进行总结,归纳出合作社治理中存在的问题,并从政策制定的角度提出可行性建议。本文主要的创新有：第一,本文系统地分析了法规机制、管理机制和社会机制在农民专业合作社治理过程中的主要作用和功能,并构建了合作社内部网络治理机制之间的耦合结构；第二,在分析农民专业合作社治理机制时,本文建立了一个较完整的合作社效率评价体系,并对合作社效率进行了分析,为合作社理论研究提供参考；第三,本文运用BP神经网络模型和GA-BP神经网络模型评价合作社效率,获得了较优的仿真结果,并对两种模型的结果给出了合理的解释,同时验证了合作社效率评价体系的可操作性。