在当下我国经济增速保持较高水平的同时,环境污染与资源浪费问题逐渐加深,人民群众对生态产品及生态服务的质量要求不断提高,建立国家重点生态功能区,将有效的保护自然生态环境、维护我国的生态安全、并向人民群众提供高质量的生态产品及生态服务。但是通过对重点生态功能区的生态维护,会加剧功能区内经济发展与环境保护之间的矛盾,重点生态功能区为了生态安全的目的将会牺牲自身的经济发展利益,这对重点生态功能区的人民是不公平的表现。因而为达到双方之间的平衡点,应向重点生态功能区积极推广生态补偿制度,促使重点生态功能区既能保障生态环境不受到损害,同时提高地区经济水平。近年随着生态文明体制改革的深化,重点生态功能区生态补偿制度不断暴露出诸多问题,严重影响着这一制度优势的有效发挥。现阶段我国重点生态功能区生态补偿制度存在着制度立法体系不健全、生态补偿主体与客体未有效结合重点生态功能区的功能特点、生态补偿模式未有效利用市场机制、生态补偿资金来源狭窄、生态补偿标准不够明晰、生态补偿管理监督体制未得到优化等一系列问题。对此我国应加强完善重点生态功能区生态补偿制度。首先,推动重点生态功能区生态补偿的法制化,完善立法保障;其次,结合重点生态功能区的生态功能类型确定环境收益者范围,明确补偿主体及客体;第三,建立以政府为主导市场机制有效配合的多元化补偿模式,同时增加补偿资金的筹集渠道;第四,建立以生态环境服务与成本计算相结合的生态补偿标准,并允许一定的灵活性;第五,加强重点生态功能区管理监督体系的完善,建立分层级的管理体系,加强部门间、地域间的协调合作机制的完善。以此构建我国重点生态功能区生态补偿制度。