自1989年台湾当局放宽两岸贸易和台商投资大陆的政策限制后，两岸经贸投资关系日益紧密，人员交流不断升温，这使得两岸海关在货物通关和旅客出入境等方面的业务量迅速增长，两岸海关在促进两岸经贸和人员交流效率方面扮演越来越重要的角色。此期间，两岸海关的业务往来随着两岸经济社会交流的扩张而日益密切并逐渐开启良性互动。目前，两岸海关的交流合作主要是以非官方的名义进行:大陆由官方委托的中国海关学会和中国口岸协会与台湾关税协会等民间团体开展积极交流，双方主要通过学术研讨和情况互通开展合作的基础性研究。　　随着两岸交流的多元化与常态化，特别是ECFA的签定以及后续谈判的开启，两岸货物、服务、信息、资金和人员的流动将越来越频繁，面对区域经济一体化与贸易自由化的驱动，便利贸易已成为两岸进一步扩大经贸交流合作所关注的议题。虽然通过ECFA两岸达到关税减让，但不一致的海关程序和文件影响了两岸贸易流动，成为阻碍两岸贸易的非关税壁垒。而两岸海关在两岸经贸往来的广度发展与深度协作进程中，应更加迫切地需要主动顺应潮流，建构官方合作机制，以推进更广泛意义、更深层次的合作，在更为有效地发挥双方自身职能作用的同时，携手促进两岸经贸发展。因此，构建两岸海关合作模式与机制，进一步消除两岸非贸易壁垒，是目前两岸海关不可回避的重大课题与共同使命。　　本文以经济一体化和自由贸易理论为基础，分析了两岸海关组织设置与功能的异同，探讨了两岸海关合作的必要性与可行性，并通过借鉴大陆与港、澳海关合作等现行海关合作模式，探索构建两岸海关的合作机制。最后，论文探讨了依托海峡西岸经济区“先行先试”政策优势、厦门特区优势和厦金合作优势，以大嶝为试点，开展对金门海关合作，构建“两岸海关合作试验区”的路径和对策。