近年来,国际知识产权投资的步伐逐渐加快,由此引发的知识产权争端也日益增多。和其他争端解决方式相比,国际投资仲裁有着独特优点,除此之外,投资协定中的知识产权保护立法也在不断完善,基于这些原因,投资者更偏向使用国际投资仲裁的方式解决争端,因此涉知识产权的国际投资仲裁案件也越来越多。而这些仲裁案中显示出来的一些问题值得思考,主要包括案件管辖权、案件实体规则的适用以及仲裁对投资者和东道国后续影响等问题。对这些问题进行分析和探讨,有助于提出具有针对性和实践意义的完善对策。管辖权问题是仲裁庭在受理争端前首先应思考的问题。仲裁庭对知识产权案件享有管辖权,需满足四个条件:投资者适格、投资受保护、属时管辖权和无权力滥用。这意味着:投资者须是投资协定中另一缔约国国民,且对该知识产权投资拥有或实际掌控;该知识产权属于投资协定保护的范围,且该投资行为合法有效;东道国违约时,该投资行为受投资协定保护;以“可预见性”为标准,投资者提请仲裁的行为不存在权利滥用。在投资协定中,知识产权保护的实体规则主要体现为投资者待遇条款(主要包括国民待遇、最惠国待遇和公平公正待遇)和征收补偿条款。由于仲裁庭对国民待遇和最惠国待遇条款在适用中存在争议,几乎很少有投资者将其作为知识产权救济的主张;公平公正待遇在适用中主要表现为非歧视、程序正当以及合理期待等,目前通常采用“习惯国际法最低待遇”标准;征收与补偿条款主要表现为东道国对投资者知识产权的限制、撤销及强制许可等,协定中一般规定知识产权例外条款,从而和《TRIPs协定》中东道国义务保持一致。此外,仲裁庭在裁决知识产权国际投资案时也存在一些问题。为防止仲裁庭自由裁量权过大,缔约国应加强对投资协定的有权解释;为弱化仲裁庭对世界知识产权公约的解释带来的冲突,有关国际组织应出台官方性解释文件;为平衡知识产权保护和东道国公共利益的关系,应加强协定中公共利益内容的规制,并对适用情形做出限制规定;为减少仲裁程序对东道国知识产权法律自决权的威胁,可以借鉴TPP中防止投资者滥诉和赋予东道国反诉的规定。