丙型肝炎病毒（hepatitis C virus, HCV）感染已呈全球流行的发展态势（全球超过1.8亿人感染，我国直接受累人口就有约4200万，年均新发病例数也在急剧上升，从2005年的5.3万人/年到2012年的21.9万人/年），感染后易发生慢性化并可能演变为肝硬化和肝癌，已成为不可忽视的公共卫生问题。聚乙二醇化干扰素（pegylatedinterferon, PEG-IFN）联合利巴韦林（ribavirin, RBV）是我国目前治疗丙型肝炎的标准方案。不同基因型HCV对联合治疗的应答反应差别显著，单纯考虑宿主因素（如IL-28BSNP）不能完全解释疗效差异，且初治无应答的患者再治疗时约17%～24%可获得持续病毒学应答（sustained virological response，SVR），初治有应答但停药后复发的患者再治疗时约44%～62%不能产生有效应答[1-3]，其机制仍不清楚。说明病毒自身可影响干扰素疗效，一方面也提示可从病毒遗传进化差异的角度寻找干扰素治疗失败的原因。核心蛋白（Core protein）是病毒核衣壳的重要组成部分，与宿主蛋白间存在大量的交互作用，参与调控基因转录表达，影响机体免疫，一直是HCV致病机制和防治的研究热点之一。基础研究表明核心蛋白可与信号传导及转录激活因子（signaltransducer and activator of transcription, STAT）级联通路相互作用，减少干扰素刺激基因（interferon stimulate gene, ISG）转录[4-5]，提示核心蛋白在抵抗干扰素疗效的过程中发挥作用。临床研究也报道了核心蛋白第70、91等位点的氨基酸变异在SVR与non-SVR组间存在差异[6]，尤其在1b型患者，认为70Gln(Q)/91Met(M)变异是产生干扰素无应答反应的独立预测因子[7-8]。而Fusao等[9]在核心蛋白第70、91位点分别制造R-Q、L-M的点突变体转染4种肝细胞系后，发现2′,5′-OAS启动子活性、mRNA及蛋白表达均增加，但这些ISGs的表达水平在各个突变组之间几乎没有差别；Kumthip等[10]的研究也认为，至少在1、3型丙肝患者中，不存在与治疗失败相关的核心蛋白氨基酸变异。因此，核心蛋白氨基酸变异与干扰素应答有无关联仍然存在争议。在我国，HCV常见感染型别有1b、2a、3a/3b、6a，分别占据约51.9%、29.4%、8.9%、4.8%的疾病构成比例[11]。本研究拟回顾性收集建立在我科就诊的慢性丙型肝炎患者聚乙二醇干扰素治疗队列，通过逆转录巢式PCR（RT-nested-PCR）扩增核心蛋白区域，分析我国上述4种常见HCV基因型核心蛋白功能区氨基酸替换模式，主要目标在于判断其氨基酸替换与干扰素应答敏感性的关联，以期用于临床治疗前预判干扰素治疗应答反应，指导个体化治疗方案的决策；次要目的是分析各个氨基酸位点之间氨基酸的替换模式是否存在关联，是否具有基因型特异性。主要研究结果：1.各基因型之间普遍存在的HCV核心蛋白氨基酸高频替换（替换频率＞10%）主要发生于第70、75、91、106、110、147、187位7个残基位点，上述位点之间存在广泛但相对较弱的连锁替换关系；2.多数位点的氨基酸替换具有基因型偏嗜性，少数位点的氨基酸替换发生了亲疏水性质的改变，可能与产生治疗应答差异有关。3. HCV核心蛋白第70位氨基酸的Q/non-Q替换、第91位氨基酸的M/non-M替换、第110位氨基酸的T/non-T替换在SVR组和non-SVR两组之间具有显著差异(P值分别为0.004、0.039、0.025)；4.核心蛋白的70Q、91M、110T替换（定义为干扰素应答―抵抗型‖替换）更倾向于发生获得非持续病毒学应答的干扰素应答结局，OR值及95%CI分别为0.288(0.120～0.693)、0.413(0.177～0.966)、0.346(0.133～0.896)；5.血清HCV核心蛋白同时表现为上述2个以上的―抵抗型‖氨基酸替换的患者，其治疗早期（4周、8周时）的HCV RNA滴度下降更缓慢（P=0.001）。结论：1. HCV核心蛋白区的氨基酸替换并非是随机散在、频发而无规律的事件，提示核心蛋白可能通过多个氨基酸位点的协同替换抵抗干扰素应答；2. HCV核心蛋白区第70、91、110三个氨基酸位点可作为治疗前预测干扰素应答反应的优选氨基酸位点；3.本质上，推测氨基酸变异可影响干扰素抗病毒应答是由于：已报道的几个位点的核心蛋白氨基酸替换可能通过多种途径协同影响核心蛋白的功能活性。