研究背景及目的:肺炎的发病率在国内外都很高,而细菌性肺炎则不管是在CAP、HAP和VAP中,都占据了绝对的优势。在抗生素问世之前,细菌感染治疗效果不佳,死亡率高,随着抗生素的问世,许多细菌感染的病人得到了更好的救治。这些抗生素在杀死或者抑制细菌生长的同时,给细菌的生存带来了选择的压力,细菌在抗生素的选择压力及抗生素滥用的多种因素作用下,逐渐出现耐药,这给细菌性肺炎患者的救治带来了困难及挑战。我国目前细菌性肺炎抗生素耐药形势严峻,多种细菌性肺炎的常见菌,如鲍曼不动杆菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌等,均显示不同程度且不容乐观的耐药,降低细菌性肺炎的耐药率刻不容缓,而细菌性肺炎的抗生素耐药与细菌的耐药基因密切相关,目前暂缺少对细菌性肺炎患者有抗生素耐药基因的危险因素研究。现如今,检测细菌耐药基因的方法主要有NGS和纳米孔测序,NGS的读长一般约为150bp,而细菌基因中存在高重复区域和高GC区域,且组装后的基因组中往往存在很多缺失序列,其读长短的缺点,给细菌基因的组装带来难以解决的问题,即很难获得病原微生物完整的序列及识别出抗生素抗性基因,而纳米孔测序因可以直接完整的检测细菌的全部基因和检测过程中无需进行基因扩增的优势,克服了上述NGS面对的问题。将纳米孔测序检测细菌的结果与细菌培养的结果进行比较,然后将纳米孔测序检测耐药基因的结果与药敏试验结果进行比较,探究纳米孔测序技术在检测细菌与检测细菌抗生素耐药的能力是否强于细菌培养与药敏实验。本研究使用纳米孔测序测序技术对细菌性肺炎的肺泡灌洗液患者进行耐药基因检测并将样本分为有耐药基因组和无耐药基因组,比较两组样本的患者的性别、年龄等多个因素在两组之间是否有统计学差异,并找出细菌性肺炎患者的肺泡灌洗液中细菌有抗生素耐药基因的独立危险因素。通过结合药敏实验与纳米孔测序的结果,探究此次研究中检出率高的几种细菌可能较为敏感的抗生素,以指导用药。研究方法:收集2022年6月至2023年3月赣州市人民医院及赣南医学院第一附属医院符合CAP/HAP/VAP患者,影像学考虑为肺部感染的病人,收集其肺泡灌洗液,进行纳米孔测序和细菌培养,记录患者的两种方法检测出的细菌,将两种方法中任意一种方法检测出细菌的样本纳入研究,将检测出细菌的的样本再根据有无耐药基因将样本分为有耐药基因组和无耐药基因组,并收集患者的资料,包括性别、年龄、神志、吸烟、饮酒史、糖尿病、冠心病、高血压、白蛋白、PCT、WBC、CRP、住院时长、糖皮质激素使用、免疫抑制剂使用、抗生素使用天数、抗生素使用种类、抗生素碳青霉烯类使用、外科手术术后、有创操作（除外科手术）,细菌的革兰染色分类,使用SPSS 22.0统计软件进行统计运算,比较有耐药基因组和无耐药基因组之间的上述因素有无统计学差异,有统计学差异的因素使用多元Logsitic回归分析找出细菌性肺炎患者有耐药基因的独立危险因素。通过结合药敏实验与纳米孔测序的结果,探究此次研究中检出率高的细菌可能较为敏感的抗生素,以指导用药。研究结果:1、对55例纳入研究的样本分别进行细菌培养及纳米孔测序,细菌培养在33个样本中检测出细菌（检出率达60%）,纳米孔测序检测出细菌的样本有40例（检出率达72.7%）,示纳米孔测序检测细菌能力强于细菌培养（P＜0.05）。2、对40检测出细菌的样本分别进行药敏试验及纳米孔测序耐药基因检测,药敏实验在24个样本中检测出抗生素耐药（检出率达60%）,纳米孔测序在30个样本中检测出耐药基因（检出率达75%）,示纳米孔测序检测出细菌抗生素耐药的能力强于药敏实验（P＜0.05）。3、细菌肺炎患者在有抗生素耐药基因组和无耐药基因组之间,住院时间长、抗生素使用天数长、神志清醒、有创操作、降钙素原等方面有显著统计学差异（P＜0.05）,抗生素使用天数（OR=1.801,95%CI:1.001-3.238,P=0.049）和患者的神志不清醒（OR=30.39,95%CI:1.971-51.49,P=0.016）为细菌性肺炎患者中细菌有抗生素耐药基因的独立危险因素。抗生素使用天数为6.5是预测菌性肺炎患者中细菌有抗生素耐药基因效果最佳的值（AUC=0.848,95%CI:0.731-0.966,P=0.001）,灵敏度和特异性分别为70%和100%。4、共20个样本检测出鲍曼不动杆菌,0个样本有多肽类抗生素耐药基因,3个样本多肽类抗生素药敏试验阳性,结合2种检测方法,鲍曼不动杆菌对多肽类抗生素较敏感;鲍曼不动杆菌有大环内酯类抗生素、青霉素类抗生素耐药基因的样本数是12和1,大环内酯类抗生素、青霉素类抗生素药敏实验阳性的样本数分别为0和10,鲍曼不动杆菌大环内酯类抗生素、青霉素类两种检测耐药情况的结果相差较大。14个样本检测出铜绿假单胞菌,3样本有甘氨酰环素类抗生素耐药基因,2样本药敏试验提示甘氨酰环素类抗生素耐药,结合2种检测方法,铜绿假单胞菌对甘氨酰类抗生素较可能较敏感;铜绿假单胞菌有大环内酯类抗生素耐药基因和药敏实验检测出大环内酯抗生素耐药的样本数分别为6和0,两种检测方法检测大环内酯类抗生素耐药情况的结果相差较大。11个样本检测出肺炎克雷伯菌,肺炎克雷伯菌有头孢类抗生素耐药基因的样本数和药敏实验检测出头孢类抗生素耐药的样本数分别为2和3,肺炎克雷伯菌可能对头孢类抗生素较敏感;肺炎克雷伯菌有氨基糖苷类抗生素耐药基因和药敏实验提示有头孢类抗生素耐药的样本数分别为6和0,两种检测方法检测氨基糖苷类抗生素耐药情况的结果相差较大。12例样本中检测出嗜麦芽寡养单胞菌,嗜麦芽寡养单胞菌中有多肽类抗生素耐药基因和药敏实验提示多肽类抗生素耐药的样本数分别2和3,嗜麦芽寡养单胞菌可能对多肽类抗生素较敏感。结论:1、纳米孔测序对细菌性肺炎患者的肺泡灌洗液中细菌的检测能力比传统细菌培养更强。2、纳米孔测序检测细菌性肺炎患者的肺泡灌洗液中细菌抗生素耐药的能力较传统的药敏实验更强。3、细菌性肺炎患者的肺泡灌洗液中细菌有耐药基因的独立危险因素是:抗生素使用天数、神志。4、对于高度怀疑或者有病原学证据提示鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌感染的患者,分别使用多肽类抗生素、甘氨酰环素类、头孢菌素类抗生素治疗可能效果较好;嗜麦芽寡养单胞菌多合并其耐药细菌感染,可选择多种耐药菌敏感药物如多肽类抗生素。可能需要更多关于鲍曼不动杆菌大环内酯类抗生素和青霉素类抗生素耐药基因、铜绿假单胞菌大环内酯类抗生素耐药基因以及肺炎克雷伯菌氨基糖苷类抗生素耐药基因的研究。