【摘 要】
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静电嵌入的扩展化的分子碎片共轭帽(EE-GMFCC)方法已成功应用于高效线性伸缩量子力学(QM)的蛋白质能量计算。本文中,我们将EE-GMFCC方法应用于计算核酸内切酶与免疫蛋白复合
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静电嵌入的扩展化的分子碎片共轭帽(EE-GMFCC)方法已成功应用于高效线性伸缩量子力学(QM)的蛋白质能量计算。本文中,我们将EE-GMFCC方法应用于计算核酸内切酶与免疫蛋白复合物的结合自由能。用EE-GMFCC方法计算野生型复合物与变异复合物的结合自由能与实验值能很好的符合。基于分子力学泊松-玻尔兹曼表面积方法(MM/PBSA)所得的最靠近平均结合自由能的结构在B3LYP/6-31G*-D水平下的预测值与实验值之间的相关系数为0.906。其结果显示量子效应对于精确预测蛋白-蛋白结合自由能非常重要。此外,PB溶剂化自由能的自洽计算对于精确计算蛋白-蛋白结合自由能也发挥了重要作用。目前的研究表明EE-GMFCC计算方法能够为蛋白-蛋白复合体结合自由能的计算提供可信的预测。
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