本研究利用PCR技术从海南兔(Lepus hainanus)全基因组DNA中扩增出九条彼此相互重叠,并且能够覆盖整个线粒体基因组的片段,然后通过PCR产物测序、拼接得到完整的海南兔线粒体基因组序列。海南兔线粒体基因组结构主要有以下几个特点：线粒体基因组全长16939bp,包含了13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因,共37个基因和非编码区,即控制区(D-loop)和轻链复制起始区。线粒体基因组分为重链和轻链,重链上共有28个基因,该链的碱基组成为：腺嘌呤(A,31.6%),胞嘧啶(C,26.1%),鸟嘌呤(G,13.5%),胸腺嘧啶(T,29%),A+T的含量明显大于C+G含量,这就说明重链具有碱基偏倚性。海南兔线粒体基因组密码子第三位偏向于使用腺嘌呤A,鸟嘌呤G在密码子第三位中使用最少。在起始和终止密码子使用方面,除了ND2和ND5基因以ATT为起始密码子外,其他蛋白质编码基因均以ATG作为起始密码子。最为常用的终止密码子是TAA; ND1、COX2、ND6基因以TAG作为终止密码子；cyt b基因以AGG为终止密码子；另外,ND4基因的终止密码子是不完全密码子T；ND3和COX3基因的终止密码子是不完全密码子TA。本研究基于GenBank中已公布的世界范围内23个种的共187条cyt b基因全序列,构建了兔属构建了NJ树和ML树,初步探讨了世界范围内兔属种间的系统发育关系,且结果显示在大多数野兔种间存在渐渗杂交现象。该研究为更好地探讨兔属系统发育关系提供了进一步的分子生物学资料。