中小企业具有规模小、组织结构简单、处于成长上升期的特点,创新是其生存和发展的最优路径,所以中小企业理应是创新驱动战略的动力源泉。但是,“中小”带来的不仅是创新活力,也带来间接融资抵押难、直接融资门槛高的融资难题,发展成为直接的创新阻碍,甚至威胁企业的生存。因此,如果能够解决融资难题,必然能够帮助中小企业重新回到创新助力成长的最优轨迹,并进一步推动国家实现创新驱动的高质量发展。针对中小企业特殊的融资难题,从2012年《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》开始,新三板立足于弥补现有资本市场单一化的缺陷,以多层次的资本市场拓宽资本的覆盖范围,服务创新型的中小企业,通过降低门槛、简化核准程序和建立转板机制的形式,在中小企业融资需求和资本市场之间建立桥梁,更好的帮助中小企业解决融资问题。但是,由于低门槛和后期监管的缺位,市场上的企业质量良莠不齐,且大多表现为市场流动性不足、信息披露不规范和公司治理水平低。为了进一步发挥服务于中小企业差异化需求的本质,国务院2016年发布《分层管理办法》,规定满足要求即可挂牌创新层,为处于不同发展阶段的中小企业提供差异化的资本市场平台,三套准入标准能够满足更多种类的企业分层需求,通过信息披露制度和层级调整制度规范企业的行为,也为投资者筛选出更优质的企业提供了有效信息,从而为中小企业融资提供差异化的资本市场服务。新三板分层制度同时满足中小企业“低门槛”和“展优势”双重要求,也为投资者提供了有效的筛选服务,有利于降低投资者的信息不对称,从而提高市场的定价效率,满足不同阶段企业差异化的融资要求。因此,新三板分层制度能够精准对接中小企业的特殊性,通过分层解决“低门槛”导致的信息不对称从而缓解融资难题,进一步激励中小企业专注创新和研发。通过梳理相关文献,本文发现了目前研究过于注重整体新三板市场研究和影响创新的一般性机制分析,缺少对新三板的分层级比较研究和分层是否能够契合中小企业创新研发特殊性的相关研究。本文基于新三板从单一层次分为基础层和创新层的事实,从分层规则、分层逻辑和分层影响把握中小企业分层的本质作用,同时对中小企业创新相对一般企业的特殊性进行梳理总结,发现了分层与中小企业创新结合的可能性。通过创造性的结合传统的逆向选择和道德风险模型,分析分层带来的筛选作用机制和对升层企业的创新决策激励机制,为升层帮助企业加大研发投入提供理论支撑。另外,本文还借助计量模型对提出的理论假设进行检验。在理论分析部分,本文首先在既有文献和理论的基础上,解释新三板分层有助于促进企业扩大研发投入的合理性;接着建立两个模型,分别论证“新三板分层——缓解企业融资约束”和“企业获得外部资金支持——扩大研发投入”的路径。为了证明第一条路径,本文建立供求模型,运用传统的逆向选择模型分别求解出分层前后均衡状态下的企业市场定价和企业质量,通过比较得出更高层级的市场——创新层在供求均衡时对应更高的企业质量和市场定价。为了证明第二条路径,本文借助道德风险模型的思路,在两个不同层级的市场分别建立代理人（中小企业）的决策模型,通过比较中小企业高努力研发的激励条件,发现分层之后,进入创新层企业将外部融资投入研发的激励条件更松,意味着有更强的研发激励动机,由此证明通过分层可以提高从资本市场成功融资的企业扩大投入研发的动力。在实证分析部分,本文通过基础回归证明了上述两个模型的推导结果——分层起到了筛选作用缓解了中小企业融资约束和中小企业缓解融资难题会加大研发投入。通过引入机制检验模型,发现流动性和市盈率会随着升层而提高,对企业研发投入起到了激励作用且代替了升层的部分直接激励效应,进一步从机制上证明了上述两个理论模型的合理性。此外,本文还更进一步的按照企业的性质和行业进行分组回归,发现非金融类企业比金融类企业受到的激励效应更大,民营企业比国有企业的激励效应更大;引入企业的研发水平变量,发现研发能力越高的企业,升层的激励效应越显著。最后考虑一般性的内生性问题和选择问题,本文进行稳健性检验。通过采用Heckman两阶段检验,发现考虑选择因素之后,激励效应有所增加,进一步证实了结果。通过用专利申请变量代替研发支出,本文发现系数的绝对值有所下降,表明升层对研发产出的激励效应小于研发投入。基于以上的理论和实证分析结果,本文发现虽然通过分层提高了企业的研发投入,但是在不同行业之间和不同企业性质之间存在差异性,通过本文的分析将其归结于新三板的分层标准和信息披露存在缺陷,由此提出国家层面应该进一步深化新三板市场改革的建议。同时基于研发产出比研发投入的激励效应更小,通过分析将其归结为企业在投入到产出转化过程中遇到的环境难题和自身的创新短板,由此提出改善创新环境的建议。