重点生态功能区关乎区域乃至国家的生态安全,生态功能区建设对于我国主体功能区战略的实现具有重要意义。健全重点生态功能区生态补偿机制,目的在于保护好绿水青山,调动全社会保护生态环境的积极性,从而实现经济、社会、生态效益的最大化。遗憾的是我国当前的重点生态功能区生态补偿并没有处理好“绿水青山”和“金山银山”的关系。重点生态功区以提供生态产品为主体定位而被限制发展,国家目前主要以中央财政转移支付的方式和项目支持的方式予以补偿,然而,当前无论是以项目为依托的补助或者是重点生态功能区的转移支付在本身的设置上都存在问题,例如转移支付民生目标对生态建设目标的挤压、项目支持的随意性、欠缺与地方性知识的沟通等。我国重点生态功能区内各少数民族聚居,多民族文化、宗教信仰碰撞融合,地方性知识是构建重点生态功能区生态补偿不容忽视的背景。探究将国家法和环境习惯法两套知识系统进行对接和互动的方案,有助于解决中央的生态补偿制度在落地时的“水土不服”问题,保障生态补偿目标的实现。以现有的重点生态功能区生态补偿开展现状为依托,在关照重点生态功能区民族地方性知识的基础上,提出以政府补偿模式为主,多元化的生态补偿方式为补充的补偿模式,从立法、运行、保障三个方面提出适用于重点生态功能区的生态补偿的优化方案:在立法方面厘清重点生态功能区法律关系、补偿范围和补偿程序等,注重国家法和民族习惯法的对接;在运行方面优化补偿标准的确定方式、完善政府补偿并注重运用市场手段;在保障方面以资金审计监管制度、生态补偿效益动态评估制度和纠纷处理制度等提供制度支持。