晚清是中国社会由封建末世艰难迈向近代的转型期，人们赖以生存的社会环境和文化条件都发生了史无前例的变动。文化是社会的灵魂，此间，中国长期闭锁的儒家文化体系被冲破，西方文化的渗透导致儒家各种传统观念陆续放弃，中国传统文化开始走出“大一统”的封闭格局而直面世界文明的变动大势。历史事变的最终结果往往与事变推动者的初衷相去甚远，作为清王朝为自救而实行的“清末新政”，本身就带有“急救”的性质，但是这一激进疗法，却加速了自身的覆灭。与封建王朝息息相关、互相依存的儒学作为官方意识形态，在这场变革中遭受的是最为致命的打击，以至香火断绝。从清末新政的改革措施入手，把儒学的衰亡融入近代中国转型期的制度变革及中西文化冲突与融合的大背景中，以清末社会各种制度变革为线索，以儒学的衰亡为内在理路，具体考察这些变革对于儒学体制的冲击，分析儒学是如何随着社会运行理念的变化和传统政体的崩解而逐步坍塌的，从而阐明已经制度化的儒学与传统制度之间的互相依存关系。晚清儒学所蒙受的冲击是逐步由外围而核心的，如教育制度的变化意味着儒学经由科举而建立起来的制度化的传播途径的丧失；作为封建社会统治根基的绅士阶层的分化与消亡，意味着儒家文化传承载体的消失；崇尚功利的“富强立国”观念的盛行和商人社会地位的提高，意味着以往士以道德教化而居齐民之上的社会地位和作用的下降；提倡西学意味着士人世代所传承的儒学失去了独尊的地位；对科技实用之学的看重，意味着否定了义理至上、道德为本的传统知识标准；外交观念的产生意味着的“天朝上国”地位的丧失及儒家大一统文化体系的破坏；法律政治制度的变革意味着儒学失去了作为合法性依据的地位。这样，在新政的措施面前，无论是儒学自身存在的制度性保障还是国家的儒学化体制均遭受根本性的打击，旨在稳定统治秩序的晚清改革走向了其动机的反面。因此，可以看出这次改革对儒学的消亡起到了关键的作用，正是由于这次改革而使儒学走上了一条不归路，早在五四运动之前，儒学便已经破碎飘散，不复存在了。