中国部分地区猪流行性腹泻病毒分子流行病学调查

来源 :四川农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lubin_1985
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猪流行性腹泻病毒(PEDV)可以导致猪流行性腹泻(PED),从而引起仔猪腹泻、呕吐、脱水等症状。2010年,PED在我国南方暴发,仔猪死亡率可达100%,造成巨大经济损失,是危害我国养猪业的重要疾病。为快速准确的对PEDV进行诊断,并探究其流行毒株的分子特点,掌握其遗传进化情况,本研究建立了PEDVTaqManqRT-PCR检测方法,对2020年~2021年我国7个省市的250份仔猪腹泻病料进行检测,并选取不同时间、地点的阳性样本对其S、ORF3、M、N基因进行克隆测序和分析。根据所建方法构建标准曲线,回归方程为y=-3.0101x+36.142,相关系数R~2=0.9976,检测下限可达1 copy/μL,组内与组间重复的变异系数均小于2%。250份样品PEDV阳性率为72.8%(182/250),克隆测序得到S基因序列22条、ORF3基因18条、M、N基因各19条。将所测序列与从Gen Bank数据库下载的121条不同年份、地区、基因型的PEDV参考序列根据S基因进行系统发育分析,结果可将PEDV分为G1a、G1b、G1c(S-INDEL)、G2a、G2b、G2c6个亚型,本研究所测22条S基因序列均为G2c亚型。G2c亚型全部由2015年来我国毒株组成,提示我国可能出现了PEDV新的流行情况。所测22条S基因长度为4158 bp~4170 bp,与参考序列S基因的一致性为91.5%~99.9%。与CV777相比,所测序列在S基因存在插入、缺失和点突变。各基因型之间进行对比,所测序列与G2c型毒株在S蛋白抗原表位区(COE、SS2、SS6、2C10)存在独特的F553-L突变,在N基因C端存在更多的V408-L、V412-S突变。
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