岩羊属偶蹄目牛科羊亚科岩羊属,在我国重点保护野生动物名录中,被列为国家Ⅱ级保护野生动物。目前认为岩羊分为2个亚种,即西藏亚种(Pseudois nayaur nayaur)和四川亚种(Pseudois nayaur szechuanensis)。本研究采用mtDNA Cyt b基因全序列和控制区5端高变区两种分子标记,研究中国岩羊各地理种群的遗传多样性、遗传结构、系统地理学、基因流水平,从分子水平探讨中国岩羊亚种的分类地位以及四川亚种下的遗传分化问题。结合历史事件,初步研究中国岩羊地理分布格局形成的主要原因和过程。研究结果表明：1.结合GenBank下载岩羊的Cyt b和D-loop区序列共确定了45个Cyt b单倍型,27个D-loop区单倍型。两组数据都显示：宁夏种群和内蒙古种群有共享单倍型,其它种群无共享单倍型。A和C比例高于G和T的比例,碱基含量具有一定的偏歧性。2.计算中国岩羊不同地理种群的单倍型多样性(Cyt b:0.911±0.027; D-loop区基因：0.924±0.027)和核苷酸多样性(Cyt b:0.02821±0.03443; D-loop区基因：0.11412±0.0064)均较高,表明中国岩羊具有丰富的遗传多样性。其中宁夏种群的单倍型多样性和核苷酸多样性均为最低；四川和西藏种群的单倍型多样性和核苷酸多样性相对最高,表现出了较高的遗传多样性。3.计算中国岩羊不同地理种群间遗传距离发现,西藏亚种与四川亚种各地理种群间遗传距离数值在(Cyt b:0.035-0.050; D-loop:0.209-0.280),平均为(Cyt b:0.042±0.007; D-loop:0.243±0.032),四川亚种内部各种群间数值在(Cyt b:0.002-0.047; D-loop:0.006-0.299),平均为(Cyt b:0.033±0.011; D-loop:0.200±0.083),其中宁夏、内蒙古种群与其它种群遗传距离较大,青海、四川和甘肃种群之间距离相对较小4.基于Cyt b和D-loop区计算岩羊四川亚种各地理种群间的基因流发现：宁夏种群与四川亚种其它地理种群间几乎不存在基因流,说明宁夏种群与四川亚种的其它地理种群产生了显著的遗传分化。5.基于Cyt b和D-loop区构建的ML和Bayes系统树发现：西藏亚种单独聚为一支；四川亚种分为两大分支,即：四川甘肃青海分支和贺兰山分支。6.基于Cyt b和D-loop区,计算西藏亚种与四川亚种的分歧时间1.05-1.14百万年前,即地质年代中的新生代早更新世晚期——中更新世初期。7.将Cyt b和D-loop区两组四川亚种各地理种群和西藏亚种间的遗传距离数据与四川亚种各地理种群间的遗传距离数据进行2个独立样本的t检验,两组数据都显示四川亚种各地理种群间的遗传距离与四川亚种和西藏亚种间的遗传距离差异不显著,说明四川亚种内部产生了较大的遗传分化。其中宁夏种群和内蒙古构成的贺兰山分支可能成为独立于西藏亚种和四川亚种成为岩羊的第三个亚种；新疆种群可能属于西藏亚种一个分支。8.我们建议将中国岩羊分为西藏亚种、四川甘肃青海分支和荷兰山分支3个进化显著单元进行管理和保护,特别是贺兰山分支应该高度关注。