与ATP6相互作用的蛋白质的筛选及基因的cDNA克隆

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植物细胞质雄性不育是一种不能产生有活力花粉的遗传性状,在高等植物中,是一种常见的生物学特征。甘蓝型油菜,是世界上广泛种植的一种油料作物,其杂交种能比亲本最高增产60%,因此把雄性不育应用于杂交种的生产具有重大的意义。目前,人们对于甘蓝型油菜雄性不育的研究主要集中于萝卜胞质不育,波里马胞质不育和nap胞质不育。波里马细胞质雄性不育因其不育性稳定,容易找到恢复基因,此不育系被认为在杂交中的生产中是最有优势的。 研究表明,由于线粒体DNA的重排,在编码ATP合成酶第六亚基的基因(atp6)的上游产生一个嵌合的具有224个密码子的开放阅读框(orf 224),它与atp 6基因共转录,而这个atp6基因区域是与甘蓝型油菜pol CMS性状是相关的。 酵母双杂交系统是近年来发展起来的一种有效的体内研究蛋白质之相互作用以及筛选cDNA文库的技术手段。为了深入研究与ATP6发生相互作用的,可能与油菜雄性不育有关的基因,我们采用了酵母双杂交系统进行蛋白质的筛选。 将atp6基因和载体pGBKT7连接构建重组诱饵质粒pGBKT7/atp6。将双链cDNA和质粒pGADT7-Rec按照顺序转化的方法转化含有诱饵质粒pGBKT7/atp6的酵母AH109,通过营养缺陷型的选择和β-半乳糖苷酶(β-lacZ)活性检测进行筛选,初步获得酵母阳性克隆。提取阳性酵母的总DNA,进行PCR检测,并用限制性内切酶进行酶切,根据PCR结果和酶切结果,剔除相同的片段,选择有代表性的酵母DNA转化E. coli JM109,涂布于LB+Amp培养基平板。并重新提取质粒pGADT7-Rec-cDNA,转化酵母AH109,验证是否与诱饵蛋白具有相互作用。最终获得5个阳性克隆,测序后,在NCBI上Blast比对分析结果表明,分别是在油菜生理过程中起着重要作用的基因:内质网膜上蛋白转运复合体a亚基(Scc61a),阳离子转运ATP酶复合体中的一个亚基,1,3-beta葡聚糖苷酶,水解酶以及光系统1L亚单位(PSAL)。 根据筛选所获得的其中一个阳性克隆水解酶基因的序列,设计引物,通过cDNA末端快速扩增的方法扩增基因的未知序列。根据RACE扩增得到的序列,继续设计引物,通过热不对称交错PCR的方法扩增基因5’未知序列。根据三次的测序结果,拼接得到了基因的全长序列,设计全长引物:up-Primer:5’-TAGTTTAGGGATGCTGTCCAAAAGTGT-3’,down Primer:5’-CAGAAGAATAACCAATCAAAAAACCATC-3’进行PCR扩增,得到了基因的全长cDNA序列。 根据推导的氨基酸序列在NCBI上进行Blast比对分析,此蛋白质序列具有水解酶家族17的保守结构域,与拟南芥的beta-1,3-glucanase具有84%的同源性,可能为水解酶家族的一个成员。利用网站和多种生物学软件对推导出的氨基酸序列进行分析。分析结果表明,此氨基酸序列有以下特征:(1)有信号肽序列,前26个氨基酸序列可能是信号肽;(2)有两个跨膜结构域。 设计引物up-Primer 5’ATAGAATTC ATGCTGTCCAAAAGTGTTITFGC TG-3’,down Primer:5’-CAGAAGAATAAC CAATCAAAAAACCATC-3’,用Pfu酶进行PCR扩增后,用EcoR I进行酶切,将此片段连接至经过EcoR I和Sma I酶切过的PSK载体。重组质粒通过Xba I和EcoR V进行双酶切,将片段克隆至经过Xba Ⅰ和.Ecl136 Ⅱ酶切过的pCAMBIA 2301G载体,构建反向植物表达载体。
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