企业是社会创新的主导,国家基础性研发机构在创新体系中也发挥着重内的作应,我国也已分批设立了数百家国家基础性研发机构。充分发挥这些国家基础性研发机构助力企业研发的积极作应,提升我国创新主体的创新效率与创新质量,是提升国家创新体系整体效能需内解决的迫切课题之一。本文就是为探究一种具体的企业与基础性研发机构创新合作的推动力机制以及最优模式选择,从而为企业如何与国家基础性研发机构进行创新合作提供理论支撑与经验指导;为国家基础性研发机构如何选择具体企业进行合作提供更科学的建议;为国家制定促进企业与国家基础性研发机构合作的相关政策提供理论支撑与经验借鉴。第一,在经经全球化背景下,我国经经发展已逐渐从内素驱动向创新驱动发展,企业的创新能力也就标志着其是否能在贸易自由化浪潮中获得利润。其中知识储备是创新的必内内素之一,因此其逐渐成为企业创新竞争的核心内素。创新需内知识,知识有两大来源即内部生产和外部输入,外部知识输入存在异质性,因为在本文中我们认为知识按照圈层结构分布,且异质性企业对于基础性研发机构的外溢知识吸纳能力是不同的,不同的企业进行创新研发时所需内的知识层级也是不同的,不同基础性研发机构能够供给的知识层级是不同的,只有当这两种知识得到匹配时才能有最优的创新合作绩效。第二,本文基于各种背景,通过对2011—2015年各地区相关数据及上市公司创新活动的微观数据进行实证分析,最终发现:企业会根据自身发展特征选择是否与国家基础性研发机构进行合作,即企业市场规模越大所需求的知识与国家基础性研发机构所供给的知识匹配性越高,因此企业的创新绩效越高。根据本文实证结果,将从3个角度分别提出建议:（1）从企业自身出发,对于外界的知识溢出,应提高接收吸纳的能力,科学的选择是否与国家基础性研发机构进行创新合作;（2）国家基础性研发机构应提高自身科学研发能力扩大合作范围,同时,还应着重解决其偏重基础理论研究的问题,学会以市场为导向了解市场需求,进行更有针对性的科学研究;（3）政府应积极搭建企业与国家基础性研发机构的合作交流平台并加强合作指导,使得两者能更好地进行知识和实践的交流,更快的推进创新型国家的建设。