从“慕马案”开始,我国对职务犯罪案件适用指定管辖制度已经有十余年了。在这期间,指定管辖制度对职务犯罪案件的公正审判起到了一定的保障作用,但是其适用率的不断升高也在某种程度上破坏了法定管辖制度的权威性。同时,就指定管辖制度本身而言,其在《刑事诉讼法》中有关适用情形的规定并不明确,并且相对于司法实践中的广泛应用,指定管辖制度在立法上却存在着缺位滞后的问题。而自《监察法》实施之后,对职务犯罪案件的主管机关也发生了变化,指定管辖在实践当中也出现了新的适用情形,需要予以研究。通过对职务犯罪案件的指定管辖制度进行系统性的梳理和研究,对指定管辖制度进行制度完善与架构,希望能在一定程度上促进指定管辖在职务犯罪案件中的更好适用。本文除引言外,正文共分为四个部分,全文共约三万五千余字。第一部分论述职务犯罪与指定管辖的基本理论问题。在探讨问题时,首先要明确所论述对象的概念。通过对职务犯罪的主体、行为、结果要素进行解析,确定职务犯罪是指国家工作人员实施的侵犯公民权利、损害司法公正并且造成一定后果的职权实施行为。而指定管辖制度通过与异地管辖、移送管辖等相关概念的区分可以界定为为了实现司法公正。在管辖不明或管辖不适宜的情形下,由下级法院向上级法院申请或者是由上级法院直接指定,使得案件的管辖权在同级法院之间流转的法定管辖之外的管辖制度。基于笔者研究能力有限,本文所涉及到的职务犯罪案件是指监察机关所调查的职务犯罪案件,指定管辖则只是指审判阶段的指定管辖。对职务犯罪案件进行指定管辖也蕴含着丰富的价值意义,本身有其独立的价值体系,有利于保障法定法官原则、审判公平原则、审判独立原则、程序正义原则等原则的实现。第二部分论述监察法出台前后对职务犯罪案件指定管辖的立法与司法现状。我国目前对指定管辖主要规定在《刑事诉讼法》、《高法解释》、《高检规则》和《监察法实施条例》当中。《刑事诉讼法》第27条规定上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件,其中“管辖不明”的界定并不明确,这使得实践当中法官的自由裁量权过大,适用的情形也难以界定在确定的框架内。《高检规则》涉及到具体需要指定管辖的情形,但其效力并不能涵盖审判阶段,除此之外,还有司法机关之间就指定管辖进行衔接协商的问题也需要进行进一步明确。新实施的《监察法实施条例》就指定管辖规定更为详细,涉及或批准或备案的制度。在域外立法中选取比较有代表性的英美法系与大陆法系国家,对其相应规范进行梳理,吸收具有借鉴性的规定。在司法现状的部分,通过对比监察法出台前后的职务犯罪案件数据分析可得对职务犯罪案件适用指定管辖的具体适用率及趋势。在监察法出台以后,职务犯罪的管辖主体也转变为监察机关,这对于指定管辖在司法实践中的适用是否会产生影响,需要针对实践中的具体数据加以探究。第三部分论述在对职务犯罪案件进行指定管辖的过程中可能出现的问题。职务犯罪的案件本身具有主体、行为等方面的特殊性,而为了保障实现职务犯罪案件的审判公正与程序正义,需要对职务犯罪案件进行指定管辖。随着职务犯罪案件的打击力度越来越大,指定管辖的适用率也越来越高,以至于有突破指定管辖作为法定管辖补充的性质的嫌疑,并且存在着规定不确定、缺位与滞后的问题。在职务犯罪案件中适用率高有其自身的优势原因,同时受到实践中现实情况的影响,同时因其适用率高所造成的资源浪费、量刑不统一以及降低诉讼效率、对被追诉人诉讼权利保障不足、司法系统程序衔接障碍等问题,需要对指定管辖制度进行完善。第四部分论述如何完善指定管辖制度。通过比较法研究,对国内外有关指定管辖及相关制度的规定进行比较。在了解域外有关指定管辖的指导原则和适用规范的基础上,对我国指定管辖制度予以完善。本文主要是从适用条件、启动程序以及程序衔接、被追诉人诉讼权利以及监督机制等方面对指定管辖进行制度设计,以便在以后的司法实践中更好地发挥指定管辖在处理职务犯罪案件中的作用。