小城镇发展问题是苏南地区当前的一个重大问题，直接关系到苏南城镇化进程、农业和农村经济发展以及地方经济的可持续发展。在当前人口过度增长、资源短缺、环境污染及生态退化的国情下，苏南小城镇只能走可持续发展的道路。相关制度安排的欠缺是苏南小城镇不可持续发展的重要原因，进行必要的制度安排和制度创新对苏南小城镇可持续发展具有重要的意义。制度创新是选择一个能够有效降低小城镇发展中交易成本的新制度，可以推动苏南小城镇可持续发展。我们承认政府在制度创新中的作用，需要政府来推动制度创新。本文首先对与小城镇可持续发展相关的基本概念作了界定，并从基本理论入手，对国内外城市(小城镇)可持续发展研究文献进行了回顾和评述。然后讨论了苏南小城镇发展的现状和存在的问题，对苏南小城镇发展轨迹进行了制度变迁分析，对苏南小城镇发展的可持续性进行了评价，并深入挖掘苏南部分小城镇不可持续发展的制度原因。接着从制度创新的角度探讨了苏南小城镇的可持续发展问题，认为要实现苏南小城镇的可持续发展，必须对目前的政府自身体制进行创新，转变政府职能，转变政绩观，还要对影响小城镇可持续发展的其他相关制度进行创新，并试图建立一个基于制度创新的苏南小城镇可持续发展模式。最后通过对江苏省昆山市周庄镇的实证研究，运用生态足迹方法来对周庄镇可持续发展进行了分析评价，并根据周庄镇的经验，结合制度创新的视角，提出有针对性的苏南小城镇可持续发展的建议。