浮游生物(plankton)是淡水生态系统中一类极重要的生物，一般包括浮游植物(生产者)、浮游动物(消费者)和浮游细菌(分解者)等功能类群。浮游生物能灵敏地响应环境的变化，是环境状况的重要指示生物，因而浮游生物群落结构的时空变化规律及其与环境的关系一直是水体生态学重要的研究内容。然而，由于浮游生物并不都具有明显的外部形态特征，致使传统的形态鉴定技术已经不能满足人们对浮游生物的进一步认识。近年来，各种DNA指纹技术被广泛用于群落水平的生态学研究，并揭示了丰富的微生物多样性。本文运用形态鉴定、RAPD和PCR-DGGE指纹技术在时间尺度和空间尺度上研究了长江中游湖泊和滇池浮游生物群落结构特征，并探讨了其与环境因子的关系。主要研究结果如下：　　 1.对采自于中国洞庭湖和汉阳墨水湖的5种吸管虫做了形态学报道，均为国内新纪录；　　 2.牛山湖浮游生物群落DNA指纹结构与环境主要限制因子总磷(TP)的含量是密切相关的，而与物种组成有一定的相关性，可能因部分物种信息的缺失导致一些偏差；西凉湖浮游生物群落DNA指纹结构与理化因子及物种组成是一致的；　　 3.典型对应分析(CCA)表明水温(WT)、pH、碱度(ALK)、化学需氧量(COD)、总磷(TP)和总氮(TN)与长江中游八个湖泊(保安湖、扁担塘、南北咀、武湖、鲁湖、牛山湖、肖四海和汤逊湖)浮游生物群落遗传多样性具有较好的相关性，并且它们在不同湖泊与浮游生物群落遗传多样性的相关性程度存在一定差异。因此，就八个不同营养水平湖泊浮游生物群落遗传多样而言，生境的营养状况决定了其空间分布格局；　　 4.单因素方差分析(One-way AVONA)显示滇池三个季节浮游生物群落物种组成、RAPD和PCR-DGGE指纹结构均存在显著差异(P＜0.05)，表明了滇池浮游生物群落结构较强的时间异质性。CCA分析表明与滇池浮游生物群落物种组成、RAPD和PCR-DGGE指纹结构相关性较强的环境因子包括总磷(TP)、总氮(TN)、五日生化需氧量(BOD5)、亚硝态氮(NO2-N)与固体悬浮物(SS)，表明滇池浮游生物群落结构时间异质性主要与污染程度密切相关。此外，总氮(TN)与夏季浮游生物群落物种组成、RAPD和PCR-DGGE指纹结构相关性较强，总磷(TP)与秋季浮游生物群落RAPD和PCR-DGGE指纹结构相关性较强。因此，本研究结果表明分子指纹技术(如RAPD和PCR-DGGE指纹技术)可能比形态鉴定更灵敏地探测浮游生物群落对环境压力的变化；　　 5.与肖四海、汤逊湖、牛山湖浮游生物群落物种组成和PCR-DGGE指纹结构相关性较强的环境因子包括水温(WT)、水深(WD)、叶绿素a(Ch1a)、总氮(TN)、轮虫和甲壳动物丰度。就每个湖泊而言，与浮游生物群落物种组成和PCR-DGGE指纹结构时空变化相关性较强的环境因子相似，表明PCR-DGGE指纹技术可以表征浮游生物群落组成并揭示其与环境因子的关系；而就三个湖泊整体而言，与浮游生物群落结构相关性较强的环境因子在各湖泊间存在差异，而这种差异主要归因于各湖泊营养水平的不同。