近年来，实际控制人利用关联交易损害公司利益的案例不断涌现。我国法律对实际控制人进行规范的时间较晚，并且内容很笼统。这导致了在追究实际控制人法律责任尤其是民事责任的过程中，产生了很多争议。本文以2011年下半年发生的紫鑫药业财务造假案为例，对在关联交易中实际控制人的民事责任相关问题进行了探讨。引言之后，全文分为三个部分，分述如下：第一部分，对案件中实际控制人的身份认定。法律上的实际控制人是个兜底性概念，具有模糊性，在实践运用中明确它的类型与判断标准很关键。实际控制人主要包括通过间接投资、契约、亲属关系或者其他人际关系进行控制以及没有履行法定任职程序、特殊状态下临时控制五种类型的人。实际控制人的判断标准，应采纳实质的支配可能性标准。然后结合案件中的事实关系，认定案件中的相关当事人符合实质的支配可能性标准，属于紫鑫药业及从属公司的共同实际控制人。第二部分，对案件中实际控制人是否违反诚信义务的判断。我国法律从实体和程序两个方面规定了实际控制人的诚信义务。在判断实际控制人是否违反诚信义务的标准上，有主观标准与客观标准之分。本人倾向于采用客观标准，即以“利益损害”标准为主，兼顾“合法程序”标准。然后结合实际控制人在案件中的行为表现，以上述判断方法为标准，从实体与程序两个方面认定其违反了诚信义务。第三部分，对实际控制人侵权责任中因果关系的认定。首先确定了实际控制人侵权案件中因果关系认定的标准。在实际控制人操控的关联交易案件中，对于简单、明显的因果关系，可采用直接因果关系认定规则。对复杂的因果关系，应遵行“相当因果关系说为主,法规目的说为辅”的原则，并且使用“二分法”来判断相当因果关系。然后利用上述标准，分析案件中实际控制人的行为与损害结果之间的关系，最后认定两者之间存在因果关系。本文的结论是，案件中的相关当事人为紫鑫药业及从属公司的共同实际控制人，其行为违反了法定的诚信义务，并且与损害结果之间存在因果关系。所以，案件中的实际控制人应当承担民事责任，对受害者的损失进行赔偿。