自上世纪八十年代我国行政诉讼制度建立以来，我国行政审判实践中出现大量认定行政程序违法的判决。其中不乏不同审级法院、不同地域法院对同一案件或者类似案件中相同的“行政程序违法”认定立场不一致问题。这一问题的存在不仅侵害相对人、相关人的合法权益，而且对我国的司法权威也构成了一定的挑战。为此，笔者认为有必要通过对大量有关行政程序违法的判例进行分析、梳理，寻找问题背后的原因。本文对1996-2012年收录在《最高人民法院公报》及北大法意案例库中的所有相关案例进行分类、梳理、分析，发现不同审级法院、不同地域法院对同一案件或者类似案件“行政程序违法”认定不一致产生的主要原因在于：第一，少部分法院对行政程序违法及相关概念在认识上不统一，比如混淆“行政程序瑕疵”、“行政程序不当”与“行政程序违法”，不同的认识自然导致不同的认定结果。第二，也是更加重要的原因，我国司法实践中缺乏统一的行政程序违法的司法认定标准，目前所运用不同的认定标准可能导致一些案件出现迥然不同的裁判。针对第一个问题，笔者在文中清晰地陈述了“行政程序违法”及一些相关概念的区别。只要厘清三者的概念，法官在判案时稍加留意便可避免错误发生。而针对第二个问题，笔者研究了世界上一些法治发达的国家和地区较为完善和健全的标准后，认为我国应当确立一套统一的、具有可操作性的行政程序违法的司法认定标准指导司法实践中法院对于行政程序的合法性审查：首先，要确立并完善“正当程序”原则。其次，对涉案的行政程序进行必要的分类，根据其类别选择适用与所属类别对应的判定行政程序是否违法的司法认定标准。如果涉案行政程序已经被现行法所规定，那么应当以是否违反成文法规定的程序为标准，但在紧急情况或者特殊情况下，行政机关为了社会公共安全或者国家利益，采取紧急措施违反成文法规对程序的规定的除外；如果涉案行政程序是单行法规定不全面的具体行政行为的程序，其是否合法应当以是否违反该单行法的法律原则为认定标准；如果涉案的行政程序是未被单行法规定的行政行为，其程序是否违法应当适用是否违法“正当程序”原则来认定。希望本文提出的方法能为有效避免不同审级法院、不同地域法院对同一案件或者类似案件“行政程序违法”认定不一致，并为当事人的合法权益得不到保护，正义无处可寻的问题提供参考。