在自然界中,物种间的相互作用具有重要意义。细菌间的相互作用也为维持生态系统的平衡稳定做出巨大贡献。一般研究物种相互作用采用传统的方法,即对单一物种进行纯培养,忽略了物种的生存会受到生物和非生物生存环境因素的影响,这种方法可以描述特定基因对单一物种的影响,但是难以解释多个物种间的相互作用的潜在遗传学机制,也很少能在全基因水平定位影响种间相互作用的基因。全基因组关联分析(Genome-wide association analysis,GWAS)可以在全基因组水平上寻找复杂形状的相关遗传变异。本文以GWAS作为核心手段,利用两种衍生的分析方法:静态的GWAS和动态的GWAS对大肠杆菌(E.coli)以及金黄色葡萄球菌(S.aureus)的生长性状和单核苷酸多态性(SNPs)进行相关性分析,定位到影响生长性状的SNPs。通过对得到SNPs进行注释及功能分析,在静态的全基因组关联分析定位到ftsK、ftsZ、secA、trpA、thrA、rpoC和yjjW等基因,这些基因均已验证与细菌的生长相关。在动态的全基因组关联分析中,通过结合两种动态的分析方法对不同培养条件中的细菌进行分析,获得不同生长参数下的显著性位点并开展了候选基因分析,找到了互作环境中可能影响细菌不同生长阶段的结构基因,如fepE、modA、carB等。除此之外,thrA、ftsK、secA、yjjW基因在两组分析方法中多次出现,初步猜测这四个基因在细菌相互作用过程中具有更加明显的作用。这些基因的发现不仅可以证明本研究中两种分析方法的准确性,也为后续的功能验证提供了理论支持。本文利用全基因组关联分析的相关方法,将物种的表型与基因型联系起来,在微生物全基因组范围内找到与性状相关的位点,定位功能基因,以期解释微生物间相互作用的遗传与进化机制,为细菌遗传机制的研究提供了理论基础。