日本从2006年5月29日开始实施的“肯定列表制度”堪称是世界上最严格的农药残留限量标准。日本是中国农产品第一大出口市场,中国也是日本农产品的第二大进口来源国。该制度对我国对日农产品出口造成较大的负面影响。虽然该制度出台对保护日本食品安全和国民健康有一定的积极作用,然而其对《SPS协定》科学性原则和非歧视原则的违背表现出该制度具有鲜明的技术性贸易壁垒的特征。通过对“肯定列表制度”对我国输日农产品的经济效应的局部均衡分析得知,该制度在短期对我国输日农产品的阻碍作用会使中国生产者福利减少,消费者福利增加,净福利减少,贸易条件恶化;在中长期为农产品生产实现技术突破提供激励和契机,有利于出口企业提高国际竞争力,存在贸易促进作用。通过对“肯定列表制度”对我国输日农产品的短期经济效应的实证分析,得知该制度对输日农产品具有数量控制和价格控制的负贸易效应,并且还会波及相关的上游企业乃至整个产业链,具有负产业效应和负福利效应。通过选择出口受阻风险较高的代表性产品烤鳗和茶叶,运用2005年6月至2008年5月的月度统计的最新数据,用计量经济学方法和EVIEWS软件,建立了多元线性回归模型。通过对模型的定量分析,发现在剔除相关因素的影响后,“肯定列表制度”的实施使我国对日烤鳗出口数量减少607.6361个单位,对日茶叶出口数量减少450.019个单位,负面影响非常显著。要从根本上消除日本“肯定列表制度”对我国输日农产品的负面影响,必须依靠政府、行业协会和企业三方协作。建议政府加快建立国际化农兽药残留限量标准体系;提高农兽药残留检验机构的检测水平;加强宣传培训,促进农兽药管理科学化;狠抓源头管理,推进绿色有机农业发展;加大谈判力度,积极开展WTO外交。行会要充分发挥桥梁作用,做好研究及信息发布工作;积极参与评议与协商谈判;协助政府制定优惠扶植政策;加强与企业的沟通和指导;加强与日本行会的沟通合作。企业要加强调研、积极应对;加强自律、规范用药;进一步完善“公司+基地+标准化”的经营模式;实施产业升级战略。