为了综合评价漳卫南运河流域的水体污染状况，于2011至2012年对漳卫南运河流域19个采样位点进行调查研究，对其水体的化学指标进行现场测试，并对水体中浮游植物群落、浮游动物群落以及底栖动物群落进行多样性分析，结果如下:　　 共鉴定出浮游植物395种（变种），隶属于8门131属。其中，绿藻门的种类最多（159种），硅藻门次之（110种），再次为裸藻门（56种）和蓝藻门(49种)。浮游植物的细胞密度平均值为21.672×106 cells/L，夏季最高为33.5×106 cells/L，秋季最低为12.21×106 cells/L，其中绿藻门最多，为11.67×106 cells/L;浮游植物生物量平均值为25.96 mg/L，夏季最高为54.43 mg/L，秋季最少为6.33 mg/L，其中绿藻门最多，为11.09 mg/L。通过计算浮游植物的Shannon多样性指数、Margalef丰富度指数、Pielou均匀度指数，从不同方面研究漳卫南运河流域的浮游生物多样性水平。其浮游植物的Shannon多样性指数范围为3.05～3.93，平均值为3.49，Margalef丰富度指数为2.14～3.47，平均值为3.01，Pielou均匀度指数为0.50～0.62，平均值为0.55。结果表明，该流域浮游植物生物多样性在夏季最高，春季次之。　　 共鉴定原生动物71属，127种;轮虫29属，105种;枝角类10属，21种;桡足类3种;所监测浮游动物平均细胞密度为116.536×103 cells/L，其中原生动物的数量最多，其密度为112.642×103 cells/L，所占百分比为96.66％，轮虫的数量第二，密度为3.798×103 cells/L，所占百分比为3.26％;桡足类的数量为第三，密度为0.0567×103cells/L，所占百分比为0.0487％;枝角类的数量最少，密度为0.0395×103 cells/L，所占百分比为0.03％;浮游动物群落构成主要以原生动物为主，轮虫次之，枝角类和桡足类中出现较少，主要以微型裸腹潘、剑水蚤和桡足类无节幼体为主，浮游动物的数量相对比较大而其种类却比较少，这是水体受污染的一个表征。浮游动物的平均生物量为13.187mg/L，春季平均生物量最大，为17.159 mg/L;秋季最小，为5.805mg/L。其中，全年原生动物的平均生物量密度为3.379 mg/L，轮虫的平均生物量密度为2.667mg/L，枝角类的平均生物量密度为6.458 mg/L，桡足类的平均生物量密度为0.683mg/L。　　 共鉴定出48种大型底栖动物，其中寡毛类9种，占整个种类的18.75％;水生昆虫21种，占总数的43.75％;软体动物16种，占总数的33.33％;其它类群2种，占总数的4.17％。底栖动物种类组成季节变化为:寡毛类在夏秋两季均为7种，春季为6种;水生昆虫在夏季最多，为16种，秋季次之为11种，春季最少为7种;软体动物夏季最多为7种，秋季次之为6种，春季最少为5种。底栖动物年平均密度为186.24ind./m2，寡毛类占总密度最大，为51.84％，水生昆虫占总密度其次，为44.92％;底栖动物年平均生物量密度为2.79 g/m2，寡毛类为59.88％，软体动物为20.80％，水生昆虫为17.21％，其它大型底栖动物占比率为2.12％。漳卫南运河流域春夏秋三季底栖动物的平均密度为春季(220.82 ind./m)＞夏季(181.16 ind./m2)＞秋季（153.39 ind./m2），三季度底栖动物的平均生物量密度表现为春季(6.61 g/m2)＞秋季(1.48 g/m2)＞夏季(1.46 g/m2)。从全年底栖动物密度组成来看，寡毛类所占的比例最大，为51.9％;从全年底栖动物的生物量组成来看，寡毛类的比例最大，占所有大型底栖动物总量的47.4％。