由于我国目前仍处于目标总量控制阶段，水污染物总量控制以总量减排计划的形式开展，并没有形成以总量控制为核心的管理体系。本文借鉴欧盟在碳配额分配上的管理经验，建立以配额管制为核心的水污染物总量控制的动态管理体系。基于排放配额总量平衡法，编制排放配额平衡表、排放总量平衡表、排放配额流量表，以实现对排放配额的量化管理，并实时反映排污负荷的管制状况。　　本文提出的水污染物配额管制制度针对不同污染源排放特点，把水污染物的排放配额分为四类进行管理，分别为重点点源可交易配额、一般工业源管制配额、污水处理厂管制配额、政府储备配额。这四类配额互相补充，互为一体，构成水污染物允许排放配额总量，形成水污染物排放配额的总量平衡关系:“总量控制目标=重点点源可交易配额+一般工业源管制配额+污水处理厂管制配额+政府储备配额”。　　基于以上各类配额与水污染物排放配额总量之间的平衡关系，水污染物排放配额管制制度的主体结构分为以下两个部分:一是排放配额总量衡算;二是排放配额流量管理。排放配额总量衡算最为主要的部分是编制某一地区某一特定时间点的排放配额总量平衡表，该表类似于企业的资产负债表，是水污染物排放配额管制的静态表现，它表现了该地区该时间点的各类型排放配额的分布情况。而排放配额流量管理则是污染物排放配额管理活动的动态体现，它通过明确各排放配额的持有者及相关配额的流动规则，对相关配额账户的存量以及配额流入和流出进行管理。　　本研究在以上制度结构基础上，基于公平公开公正、服从总量控制目标尊重已有客观信息的排放配额分配原则，对深圳市的COD以及NH3-N这两种水污染物进行了初始分配，编制了深圳市基准年（2010年）的水污染物排放配额年初总量平衡表，并制定了各配额流量管理的规则，形成完整的水污染物排放配额量化管制系统，为我国其他污染物总量控制的量化管理提供借鉴。