世界经济一体化的发展趋势必然要求与企业配套的生产要素及产品在全球高效流通及配置，因此世界各国都非常重视物流业的现代化。中国作为世界的第二大经济体要想保持可持续的高速发展，必需依托现代化的物流业作为保证。面对全球化及国内、区域的竞争，作为与制造业配套服务的S物流公司如何针对自身特点及面对的风险因素建立与实施基于风险管理的内部控制，现有内部控制体系怎样优化，相关研究具有重要的意义。以往的内部控制研究大多是从财务审计角度进行研究。本文选择了如何实现物流企业的内部控制作为研究方向，本文对S公司内部控制管理现状及问题，探讨了问题产生的影响因素，针对客户委托、业务受理、现场装货、运行监控、卸货交付、回单管理及成本运费付款、财务收款七大业务环节存在的问题进行剖析，以控制流程图为手段实现其内部控制目标的优化，建立了关键控制点，提出了完善企业治理结构、健全内部审计监督制度、建立内部控制激励机制等内部控制优化方案的实施保障措施。本文对物流企业内部控制的研究，为中小物流企业提升内部控制及管理水平提供了借鉴。