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红曲黄色素和红曲橙色素是红曲霉菌发酵后的次生代谢产物之一。首先，萃取发酵的原理是利用非离子性表面活性剂胶束将胞内的红曲橙色素和红曲黄色素转化到胞外。其次，离子液体介导的微乳液可以将红曲黄色素从非离子性表面活性剂水溶液转移到离子液体相中，此过程回收率在410nm处达到了95.5%。随后，离子液体－丁醇两相系统回收离子液体中的红曲黄色素，回收率大约在95%。上述方法可以将非离子性有机组分从非离子性表面活性剂胶束水溶液中筛选出来。 红曲橙色素和谷氨酸钠之间的亲胺反应可以彻底从红曲黄色素中去除红曲橙色素，从而实现红曲黄色素的进一步纯化。红曲黄色素的2-H-吡喃团取代了红曲橙色素中的4-H-吡喃团，因此红曲黄色素和伯胺之间不能发生亲胺反应。这个基本事实提供了一种在红曲黄色素中去除红曲橙色素的新策略，同时也解释了红曲橙色素有强烈的细胞毒性，而红曲黄色素的却没有细胞毒性的原因。 分离红曲霉菌中的胞内色素可以制备红曲橙色素。红曲橙色素溶液并不稳定，它在高pH下呈现出红色，在低pH下呈现橙色。在低pH条件下，橙色素光谱的峰值在470nm处；而在高pH条件下，峰值会在390nm和520nm处，并且会生成一种新的红色的色素。这种红色的色素在pH较低的情况下又会重新变成橙色。