农业是国民经济的基础。我国是一个发展中的农业大国，人口众多、资源短缺是我国的基本国情。我国农业生产的实践表明，虽有很多方法可以提高农产品的总产，如以增加投入扩大复种指数来提高总产，但因农作物生长的周期性所限难以实现这一目标。而其它的方法，如环境治理同样有利于农业生产，但环境治理将促进我国农业向长远的持续方向发展，并不能大幅度提高产量，仅可以减少由于环境破坏所造成的灾害损失。根据农业技术创新理论及中国农业生产的实践表明，无论过去还是未来，农产品产量的提高，其最有效、成本最低的措施是依靠农业科技创新资金的投入。然而，自80年代中期以来，我国农业科技创新投资增长量呈下降趋势。目前我国政府对农业科研的投入仅占农业GDP的0.25％左右，远低于发达国家2.0％的平均水平，也低于世界0.5％的平均水平，这使得农业科技创新资金来源始终处于一种饥渴状态。更重要的是，投资渠道单一、投资比例失调、投资结构扭曲等问题日益凸显出目前我国农业科技创新资金投入机制存在一定的缺陷，这将对我国的粮食安全、乃至国家安全构成严峻的挑战。因此探索中国农业科技创新资金投入的问题与对策，提高农业科技创新能力，促进科技成果转化成农业生产力，成为社会的共识。本文首先就农业科研专项资金投入机制进行了理论分析，主要分析了农业科研的重大意义；农业科研资金投入主体选择以及我国农业科研资金投入的行为分析，为后续研究奠定理论基础。其次，对武汉市农业科研专项资金使用现状进行了实证分析。通过一系列指标实证分析了武汉市农业科研专项资金的使用总量变化情况以及使用结构。通过这一章能使我们清晰了解武汉市农业科研专项资金的使用情况。再次，探索了武汉市农业专项资金使用和管理过程中存在的问题与深层次原因。总结了武汉市在农业科研专项资金使用过程中存在的问题，并深入挖掘引发问题的深层次原因。最后，对促进武汉市农业专项资金使用效率管理机制进行设计与提出政策建议。在理论分析和实证研究的基础上，具有针对性地提出了政策建议，供相关部门决策时参考。