CDH17基因单核苷酸多态性与结直肠癌的相关性

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背景与目的结直肠癌是全世界最常见的恶性肿瘤之一。从全世界的范围来看,结直肠癌的发生率在亚洲人群中相对较低。近年来,随着人们生活水平的提高、饮食结构的改变以及遗传因素的影响等,我国结直肠癌的发病率呈逐年上升趋势。普遍认为结直肠癌是多因素参与且相互作用的复杂疾病,涉及一系列复杂的病理生理反应,主要包括遗传因素、环境因素以及在肿瘤发展过程中的个体反应等。但是结直肠癌发生、发展的确切机制到目前仍未被完全阐明。对结直肠癌的研究涉及很多方面,从研究内容上可将其中的基础研究分为细胞水平、蛋白质水平、mRNA水平以及DNA水平四个方面。其中在DNA水平上,对于基因组的单核苷酸多态性与结直肠癌的关系的研究相对较少。单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,简称SNPs)是最常见的基因组序列变异,已经成为第三代遗传标记。基因的单核苷酸多态性与人群的表型差异、疾病的易感性以及药物治疗的敏感性等有关,目前已经成为基因研究的热点,某些基因的单核苷酸多态性与疾病的关系已经得到证实。CDH17基因,即cadherin-17,又称liver-intestine cadherin(简称LI-cadherin),是钙粘蛋白基因超家族的成员之一,编码Ca2+依赖性的跨膜糖蛋白。人类的CDH17基因位于8号染色体长臂2区2带第一亚带(8q22.1),由18个外显子构成,编码的蛋白质是肝肠钙粘连蛋白(LI-cadherin)。已有研究证实,肝肠钙粘蛋白的表达减少与人类结直肠癌的进展和淋巴结转移密切相关。目前,有关CDH17基因的单核苷酸多态性与疾病的关系研究在国内、外少见报道。本研究采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,简称PCR-SSCP)方法结合DNA直接测序法对93例结直肠癌患者的CDH17基因的c.343A>G和c.2216A>C单核苷酸多态位点的基因型进行检测,旨在探讨此两个位点在结直肠癌患者中的基因表型、基因型频率和等位基因频率及其与结直肠癌的发生、发展及临床病理因素的关系。材料与方法1.外周静脉血标本采集于无血缘关系的93例汉族结直肠癌患者,采集时间为2009年12月至2010年8月,均采集于郑州大学第一附属医院肛肠外科和肿瘤科,血液采集量约lml。2.使用Fermentas基因组DNA纯化试剂盒(Fermentas,CA)对93例结直肠癌患者的外周静脉血标本进行基因组DNA的提取、纯化。3.采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)的方法对93例结直肠癌患者的CDH17基因c.343A>G和c.2216A>C单核苷酸多态性位点进行基因分型。4.采用DNA直接测序法对PCR-SSCP法的基因分型结果进行验证。5.统计学分析:采用SPSS17.0统计分析软件,对无序分类资料采用χ2检验或Fisher’s确切概率法,运用Logistic回归模型计算优势比(odds ratio, OR)及其95%可信区间(95%confidence interval,95% CI),用OR及其95%CI表示相对危险度。对有序分类资料采用秩和检验,以平均秩次比较风险度的大小。取检验水准a=0.05,在统计检验中涉及单双侧概率时采用双侧概率检验,对于多分类样本中每两类间的比较采用Bonferroni法。结果1.CDH17基因c.343A>G单核苷酸多态位点与结直肠癌临床病理因素的关系:(1)93例结直肠癌患者外周静脉血标本中CDHl7基因c.343A>G单核苷酸多态位点基因型A/A 26例(27.96%),基因型A/G 44例(47.31%),基因型G/G 23例(24.73%)。A等位基因频率为51.61%,G等位基因频率为48.39%。(2)CDH17基因c.343A>G单核苷酸多态位点基因型分布频率与结直肠癌患者的性别,年龄,肿瘤生长部位、肿瘤直径、大体形态、组织学类型、浸润深度、分化程度、血道转移以及复发无关(P>0.05),与淋巴结转移和TNM分期有关(P<0.05)。(3)CDH17基因c.343A>G单核苷酸多态位点,携带G/G基因型的结直肠癌患者淋巴结转移风险增加(基因型G/G、A/A与A/G比较的OR分别为7.292、2.431)。通过Bonferroni法对每两种基因型进行比较,取校正检验水准α’=0.017,结果为:基因型A/A与A/G间比较,P=0.102;基因型A/A与G/G间比较,P=0.062;基因型A/G与G/G间比较,P=0.000。此结果表明携带G/G基因型与A/G基因型的结直肠癌患者在淋巴结转移方面的差异有统计学意义。携带G等位基因的结直肠癌患者淋巴结转移的风险增加(等位基因G与A比较的OR为1.767),但是χ2检验表明两者之间的差异无统计学意义(χ2=3.450;df=1;P=-0.063)。(4)CDH17基因c.343A>G单核苷酸多态位点,携带G/G基因型的结直肠癌患者TNM分期较高(基因型A/G、A/A、G/G的平均秩次分别为39.32、48.15、60.39)。通过Bonferroni法对每两种基因型进行比较,取校正检验水准α’=0.017,结果为:基因型A/A与A/G间比较,P=0.197;基因型A/A与G/G间比较,P=0.127;基因型A/G与G/G间比较,P=0.001。此结果表明携带G/G基因型与A/G基因型的结直肠癌患者在TNM分期方面的差异有统计学意义。携带G等位基因的结直肠癌患者TNM分期较高(等位基因A、G的平均秩次分别为87.71、99.68),但是Kruskal-Wallis检验的结果表明两者之间的差异无统计学意义(H=2.561;df=1;P=0.110)。2.CDH17基因c.2216A>C单核苷酸多态位点与结直肠癌临床病理因素的关系:(1)93例结直肠癌患者外周静脉血标本中CDH1 7基因c.2216A>C单核苷酸多态位点基因型A/C 12例(12.90%),基因型A/A 31例(33.33%),基因型C/C 50例(53.76%)。A等位基因频率为39.78%,C等位基因频率为60.22%。(2)CDH17基因c.2216A>C单核苷酸多态位点基因型分布频率与结直肠癌患者的性别,年龄,肿瘤生长部位、大体形态、组织学类型、浸润深度、分化程度、血道转移以及复发无关(P>0.05),与肿瘤直径、淋巴结转移和TNM分期有关(P<0.05)。(3)CDH17基因c.2216A>C单核苷酸多态位点三种基因型之间在93例结直肠癌患者的肿瘤直径方面有差异(P<0.05),但是通过Bonferroni法对每两种基因型进行比较(a’=0.017),任何两种基因型之间在肿瘤直径方面的差异均无统计学意义(基因型A/A与A/C间比较,P=0.018;基因型A/A与C/C间比较,P=0.625;基因型A/C与C/C间比较,P=0.027)。(4)CDH17基因c.2216A>C单核苷酸多态位点,携带C/C基因型的结直肠癌患者淋巴结转移风险增加(基因型C/C、A/A与A/C比较的OR分别为5.417、1.200)。通过Bonferroni法对每两种基因型进行比较,取校正检验水准a’=0.017,结果为:基因型A/A与A/C间比较,P=0.067;基因型A/A与C/C间比较,P=0.003;基因型A/C与C/C间比较,P=0.027。此结果表明携带C/C基因型与A/A基因型的结直肠癌患者在淋巴结转移方面的差异有统计学意义。携带C等位基因的结直肠癌患者淋巴结转移的风险增加(等位基因C与A比较的OR为3.990),χ2检验结果表明两者之间的差异有统计学意义(χ2=16.488;df=1;P=0.000)。(5)CDH17基因c.2216A>C单核苷酸多态位点,携带C/C基因型的结直肠癌患者TNM分期较高(基因型A/A、A/C、C/C的平均秩次分别为38.77、42.00、53.30)。通过Bonferroni法对每两种基因型进行比较,取校正检验水准α’=0.017,结果为:基因型A/A与A/C间比较,P=0.718;基因型A/A与C/C间比较,P=0.013;基因型A/C与C/C间比较,P=0.168。此结果表明携带A/A基因型与C/C基因型的结直肠癌患者在TNM分期方面的差异有统计学意义。携带C等位基因的结直肠癌患者TNM分期较高(等位基因A、C的平均秩次分别为78.09、103.68),Kruskal-Wallis检验的结果表明两者之间的差异有统计学意义(H=11.225;df=1;P=0.001)。结论1.CDH17基因c.343A>G单核苷酸多态位点携带G/G基因型的结直肠癌患者与携带A/G基因型的患者相比淋巴结转移风险增加、TNM分期较高。2.CDH17基因c.2216A>C单核苷酸多态位点基因型C/C与等位基因C可能是结直肠癌患者的结直肠癌淋巴结转移和TNM分期较高的危险因素。
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