改革开放30年来,作为我国对外贸易重要组成部分和参与国际分工主要形式之一的加工贸易取得了长足发展,其对我国扩大出口、引用外资、平衡国际收支、增加外汇储备、推动产业结构调整、技术进步和经济增长、缓解就业压力等方面均发挥了重大作用。然而,随着我国加工贸易的发展,一系列严峻的问题日益凸现出来,越来越引发我们的关注：如,我国的加工贸易存在着仍处于国际价值链低端,加工贸易企业核心竞争力差、本土化程度不高、产业关联性差、劳动力比较优势逐步削弱、贸易条件等。由于加工贸易的生产周期一般在25年左右,如果在这段时间内该国未能实现结构升级或提高本地化比例,形成新的比较优势,则随着本地加工成本的日益升高,该国的加工贸易将会变成无根工业,加工贸易转型升级成为我国提升国际分工地位、转变贸易增长方式的重大政策选择,而且迫在眉睫,刻不容缓。加工贸易转型升级依靠企业、市场、政府三方的共同作用。就一级地方而言,一方面,政府需要充分发挥宏观调控职能,以劳动力要素、技术要素、知识要素的提升来支持加工贸易的可持续发展,推动和引导加工贸易实现转型升级；另一方面,海关作为加工贸易的监管部门,在政策支持、手续办理等方面能否为企业提供便利、降低成本,在企业转型倒逼节奏不断加快的情况下,被地方政府、企业寄予空前期望。因此,地方政府与海关,成为从广义政府角度而言,对加工贸易转型升级成效产生重大影响的两大推手。而地方政府与海关在行政组织结构和行政权力配置上属于条块关系。条块关系是我国政府间关系模式的基础,这一模式的初衷和要义是在保持社会调控体制通畅连贯的前提下实现“集分平衡”,从而达到维持政治统治结构平衡的目的,但条块体制又不可避免地带来一些问题。本文在分析加工贸易发展现状、问题的基础上,首先明确加工贸易转型升级中地方政府与海关应该有怎样的角色定位,然后阐明加工贸易转型升级中两者条块关系的运行现状、存在问题,继而一方面结合深圳市政府与海关协同治理地方加工贸易转型升级案例,从中得到启发并指出不足之处；另一方面通过借鉴国外政府处理条块关系和在加工贸易转型升级中发挥作用的经验,最后得出理顺地方加工贸易转型升级中地方政府与海关条块关系的制度建议以及地方政府与海关协同治理助推地方政府加工贸易转型升级的对策。