本文介绍了二维相关光谱方法的理论及其发展、数学算法以及可能的应用领域，并编程实现了二维相关光谱算法。 应用自编二维相关光谱软件，研究了有机物中红外／近红外谱峰确认和归属指派。以正己烷／甲苯混合体系为例，采用浓度为外界扰动，在不考虑混合体系各组分基团相互作用的前提下，完成了正己烷／甲苯混合体系中红外谱区2800-3100 cm^-1和近红外谱区4000-6500 cm^-1谱峰来源指派，将中红外谱区2800-3000cm^-1来源于正己烷和甲苯的重叠峰分开。应用已知的2800-3100cm^-1谱区信息，通过2800-3100cm^-1与4000-4800cm^-1谱区MIR／NIR二维相关光谱，完成了4000-4800cm^-1谱峰来源指派，同时应用4000-4800cm^-1与4000-4800cm^-1谱区的NIR／NIR二维相关光谱验证了2800—3100 cm^-1与4000-4800 cm^-1谱区的MIR／NIR二维相关光谱的结论。应用2800-3100cm^-1与4800-6500 cm^-1谱区的MIR／NIR二维相关光谱，完成了4800-6500cm^-1谱峰来源指派。为利用中红外区已知的、丰富的结构信息研究近红外光谱带的分辨与指派打下了基础。 应用自编二维相关光谱软件，研究了蛋白质二级结构的红外特征响应及其在外界扰动下的二级结构变化机制。介绍了可以引起蛋白质二级结构变化的外界扰动。以牛血清白蛋白为例，应用二维红外相关光谱技术，综合应用酰胺Ⅰ带和酰胺Ⅲ带信息，对碱性pH扰动下的牛血清白蛋白二级结构在红外光谱酰胺Ⅰ带和酰胺Ⅲ带中的信息进行了谱峰确认及归属指派。根据谱峰确认及其归属指派结果，讨论了碱性pH扰动下的牛血清白蛋白二级结构的变化机制，认为随着pH增加，α螺旋和β片层向β转角和无规缠绕转换。