云南山茶(Camellia reticulata)为山茶科(Theaceae)山茶属(Camellia)常绿灌木或小乔木，世界著名的观赏花木、种子含油量高，为优质食用油。本研究对野生云南山茶资源的分布现状进行了野外调查和取样。并根据大理茶(Camellia taliensis)叶绿体全基因组信息，开发筛选了可用于云南山茶多态性研究的叶绿体微卫星引物。最后，利用筛选的5对cpSSR引物对35个云南山茶居群共761个个体开展了群体遗传学的研究，并根据研究结果探讨了适于云南山茶的保护策略。主要结论如下：　　 ⑴野生云南山茶资源调查。对野生云南山茶资源分布区的39个分布地调查表明，共有36个地点发现有野生云南山茶资源的分布。野生云南山茶居群特点为规模小而集中。不同地点居群的形态学特征差异较大。目前人们对野生云南山茶资源的科学利用还十分有限。导致云南山茶资源破坏的主要原因是人类的过度采挖及建设生产活动对生态环境的破坏致使其生境破碎，片断化。　　 ⑵叶绿体微卫星引物的开发和筛选。利用大理茶(C.taliensis)叶绿体全基因组信息设计开发了32对cpSSR引物进行筛选，其中有10对在云南山茶中检测到有多态性。筛选了5对多态性高，扩增产物条带清晰、稳定的cpSSR引物在云南山茶的三个近缘种怒江山茶(C.saluenensis)、西南山茶(C.pitardii)和猴子木(C.yunnanensis)中对所开发引物的通用性进行验证，结果显示5对引物在怒江山茶均检测到有多态性，有3对引物(C10，C18，C28)引物在西南山茶中检测有多态性，而在猴子木中只有C15引物检测到有多态性。所开发的引物在种间有一定的通用性，可用于山茶属部分种的相关研究。　　 ⑶基于cpSSR标记的云南山茶的群体遗传学分析。利用5对叶绿体微卫星引物对云南山茶35个居群761个个体进行了群体遗传学分析。结果表明，云南山茶不论在物种水平(H=0.4273，I=0.7714)还是居群水平(H=0.1709，I=0.2792)上均具有较高的遗传多样性水平。另外，Nei基因多样性指数所显示的居群间的遗传分化系数为0.6033，群间遗传分化系数(FST=0.6005，GST=0.6034)，以及AMONA分析的结果基本一致，均表现出居群间变异大于居群内变异。同时，基因流Nm=0.3287＜1，也说明了云南山茶居群间的基因交流强度小，居群隔离大。且遗传距离与地理距离没有相关性。　　 ⑷保护策略。综合云南山茶破坏因素分析、遗传多样性水平和遗传变异分布式样及其生物学特性，就地保护应该是有效保护云南山茶野生资源的优选策略，迁地保护是有效的补充。对遗传多样性较高的FQ，YP，ES，BS，KM，2X居群应建立保护区，就地保护。迁地保护需要考虑在遗传多样性丰富的区域选择不同的个体进行迁地保护，以便在有限的区域内保护最大可能的遗传多样性。并需要从种质资源，种子，活体材料三个层次同时开展收集。