本课题选择经上海市疾病预防控制中心确证的在1995年一2005年期间感染的219例HIV-1感染者和病人作为研究对象，应用RT-PCR技术扩增HIV多聚酶基因，同时对每一个研究对象进行个案流行病学调查。 本研究旨在通过对HIV-1多聚酶基因序列的研究来了解上海市流行的HIV-1基因亚型的种类、耐药性基因突变的存在及其突变种类，通过对219例研究对象的个案流行病学调查(或历史性个案流行病学调查资料)以了解上海市HIV—l的传播模式及其与HIV分子生物学特征的相关信息；通过对HIV一1基因亚型、耐药性突变、传播途径等因素的综合性分析以及这些因素在不同HIV-1感染者和病人人群中的分布，了解上海市HIV-1分子流行病学特征，为确定上海市流行的HIV-1的分子生物学特征提供监测依据。本课题研究包括3部分： 第一部分：上海市HIV-1／AIDS现场流行病学调查研究 目的:了解1595例研究对象的人口学特征、感染途径等因素。 方法:利用国家HIV疫情上报资料以及流行病学个案调查相结合的方法。 结论:HIV-1感染者以外来人口中的青壮年男性为主；感染途径以静脉吸毒为主；上海市户籍人口感染途径以性传播为主；外来人口感染途径以静脉吸毒为主；HIV-1传播途径呈多样性、复杂性的特点。 第二部分：上海市HIV-1分子流行病学调查研究 目的:对上海市1995—2005年感染和确诊的219例HIV-1感染者和病人进行HIV-1分子流行病学研究，了解上海市流行的HIV-1的基因亚型及其与传播途径之间的关系。 方法:应用RT-PCR扩增HIV-1多聚酶基因，DNA测序后进行进化系统树分析以确定HIV-1基因亚型。结合传播途径等现场流行病学调查结果，分析HIV-l基因亚型、传播途径等之间的关系。 结论:上海市HIV-1基因亚型以重组体CRF01_AE、重组体CRF07_BC、亚型B’(泰国B亚型)为主，呈多样性的特点，某些基因亚型在人群中的传播模式已经或正在发生改变；上海户籍研究人群的HIV-l基因亚型种类比外省市的多而复杂。 第三部分：上海市HIV-1耐药性基因突变监测研究 目的:了解目前上海市HIV-1毒株的耐药性突变以及感染者和病人的耐药情况。 方法:应用RT-PCR扩增HIV-1多聚酶基因，DNA测序后与国际HIV-1耐药数据库比对辨别耐药性突变位点和感染者和病人耐药种类和程度。 结论:三类抗HIV药物耐药性基因突变均有检出；在尚未经抗病毒治疗的HIV-1感染者中，已存在与PRIs和RTIs耐药相关的原发基因突变；治疗人群的耐药性基因突变率明显地高于非治疗人群。