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以安溪13个乌龙茶品种为材料，利用RAPD法研究了它们的亲缘关系。结果表明： 1．茶叶RAPD-PCR最佳扩增条件：在25ul反应体系中加入50ng DNA模板，1.0 U Taq DNA聚合酶，2.5mmol／L Mg2+，0.2mmol／L dNTPs和0.2umol／L引物。94℃预变性40s，94℃变性30s，37℃退火1min，72℃延伸1min，经45个循环，72℃延伸10min。 2．RAPD结果：筛选出的20个有效随机引物扩增出125条带，扩增片段的大小在0.3—3Kb之间。多态性条带为63条，占总量的50.4％。因此，13个安溪乌龙茶灌木型无性系品种的多态性程度并不是很高，表明当地茶树品种基因型具有较大的相似性，其品种之间遗传差异性较小。 3．聚类分析结果：聚类结果可将13个品种分为三组，第一组有“墨香”、“本山”、“软枝乌龙”、“绿芽观音”；第二组有“红芽佛手”、“大叶乌龙”；第三组有“圆叶观音”、“长叶观音”。而“杏仁”、“铁观音1”、“绿芽佛手”、“红骨乌龙”、“铁观音2”品种则独立于上述品种。13个品种相似系数介于74-91％之间，平均相似系数为85.16％，遗传距离介于0.0943-0.3011之间，平均遗传距离为0.1607。铁观音1与其它品种平均相似系数为84.33％，最大值为89％，平均遗传距离为0.1702，最小值为0.1165；与绿芽佛手相似系数最小，为78％，低于总的平均相似系数85.16％，其遗传距离为0.2357，高于平均遗传距离0.1607。这表明了铁观音1和绿芽佛手的亲缘关系要远于铁观音1和其它品种的亲缘关系。由远及近依次为绿芽佛手、铁观音2、红骨乌龙、杏仁、墨香、长叶观音、软枝乌龙、大叶乌龙、绿芽观音、圆叶观音、红芽佛手、本山。