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目的：运用RNAi技术，敲低NP69细胞系中STGC3基因的表达；采用iTRAQ同位素标记及质谱分析，研究STGC3基因表达下调对NP69细胞系蛋白质表达谱的影响，筛选差异表达蛋白质分子，探讨STGC3基因调控的相关分子网络，为阐明鼻咽癌发病的分子机制提供强有力的实验依据。方法：参照RNAi的设计原则，设计靶向干扰STGC3基因表的发夹样序列（shorthairoin RNAs, shRNA），构建pRNAi-U6.1/shRNA/STGC3和pRNAi-U6.1/scramble/STGC3真核表达载体，并对重组质粒进行测序及比对分析；随后将重组质粒用LPTM2000转染NP69细胞，经G418筛选，建立稳定低表达STGC3的pRNAi-U6.1/shRNA/STGC3/NP69细胞系；采用RT-PCR验证pRNAi-U6.1/shRNA/STGC3/NP69、 pRNAi-U6.1/scramble/STGC3/NP69及NP69三组细胞STGC3基因的mRNA表达水平；分别提取pRNAi-U6.1/shRNA/STGC3/NP69、pRNAi-U6.1/scramble/STGC3/NP69及NP69三组细胞的总蛋白，进行蛋白酶解，iTRAQ同位素标记，高效液相色谱仪分离，四级杆‐静电场轨道阱质谱仪进行质谱分析，获取蛋白质表达丰度信息，对所获取蛋白质表达信息进行数据库搜索分析，筛选差异表达蛋白质分子；运用生物信息学方法，分析差异蛋白质的相互作用。结果：经测序及Blast比对，证实pRNAi-U6.1/shRNA/STGC3和pRNAi-U6.1/scramble/STGC3重组质粒构建成功；通过荧光显微镜观察，转染pRNAi-U6.1/shRNA/STGC3和pRNAi-U6.1/scramble/STGC3重组质粒的NP69细胞可见GFP表达，表明重组质粒转染成功；RT-PCR结果显示，pRNAi-U6.1/shRNA/STGC3导入NP69细胞，可有效降低STGC3基因的表达，pRNAi-U6.1/shRNA/STGC3/NP69细胞系成功建立；iTRAQ同位素标记及质谱技术，分析pRNAi-U6.1/shRNA/STGC3/NP69细胞蛋白质表达谱的变化，共鉴定出83个差异表达蛋白，其中上调蛋白45个，下调蛋白38个。生物信息学分析结果表明，这些差异蛋白质分子与蛋白质合成、细胞生长增殖、凋亡及信号转导等功能相关，并初步构建了蛋白质的相互作用网络图。结论：1．成功建立pRNAi-U6.1/shRNA/STGC3/NP69细胞系。2．STGC3基因在NP69细胞的表达降低，可导致NP69细胞的蛋白质表达谱发生改变，本实验鉴定出83个差异蛋白质分子，其中上调蛋白质45个，下调蛋白质38个，其功能涉及蛋白质合成、细胞生长增殖、凋亡及信号转导等。