三角帆蚌(Hypriosis cumingii)是我国特有的淡水育珠蚌,所产淡水珍珠产量约占总产量的80%以上。珍珠和贝壳是由碳酸钙组成,经生物矿化过程形成。基质蛋白在生物矿化产物的形成中起了十分重要的作用。对基质蛋白的鉴定和研究可以帮助我们更好地了解贝壳和珍珠的形成机理。本文从三角帆蚌外套膜中克隆和鉴定了3个新的基质蛋白基因,分别是silkmaxin和hic6,hic7,分析了这3个基因对珍珠的形成结构和功能上所起的作用。从三角帆蚌外套膜中克隆得到新的基质蛋白基因silkmaxin,hic7和hic6,silkaxin基因的cDNA序列,全长1151bp,ORF为885bp,共编码294个氨基酸包含前面15个信号肽,消除信号肽以后的理论分子量和等电点分别为28.39kDa,9.52,说明此蛋白为一碱性蛋白。Hic7基因的cDNA序列全长为459bp,ORF 240bp,加上前19个信号肽共编码了79个氨基酸,消除信号肽的理论等电点为6.12,理论分子量为6.80kDa。Hic6基因的cDNA全长为449bp,其中ORF为219bp,共编码了73个氨基酸包含前20个信号肽,消除信号肽后的理论等电点为4.28,分子量为6.43kDa。经RT-PCR显示这3个基因均表达于外套膜的边缘膜,进一步的原位杂交检测出hic6,silkmaxin基因的信号出现在外套膜外上皮细胞,而hic7在整个外套膜上皮细胞中都有强烈信号出现。推测silkmaxin和hic6基因参与了珍珠层矿化,而hic7同时参与了珍珠层和棱柱层矿化。通过RNAi实验研究,在同种规格不同三角帆蚌的外套膜中分别注射了silkmaxin,hic6和hic7的dsRNA后,经RT-PCR分析,实验组的表达量都有明显下降,SEM图像显示,silkmaxin和hic6基质蛋白基因对棱柱层结构没有影响,可能只与贝壳珍珠层矿化有关。而hic7基质蛋白基因的表达在经过抑制以后,珍珠层和棱柱层都与对照组相比发生了显著的变化。现将已获取的基因组高通量的数据结果与转录组靶基因经过编码所得到的序列进行对比,得出不同外显子在基因组上所处的位置,根据三角帆蚌基质蛋白hic6基因cDNA设计引物,扩增基因片段并进行测序和比对后在hic6上获得5个SNP位点,通过144只三角帆蚌个体中对五个SNPs进行检测和分析后发现这五个位点多为中低等多态。而后对这些多态性位点与壳色相关联性的研究分析后发现,这五个位点的基因型分别在明亮度(L),颜色参数(a)以及颜色参数色差值(dE)上存在明显的差别(P<0.05)。单倍型分析得出,单倍型T1在白色群中所呈现的频率极明显的大于紫色种群,其他四种单倍型T2,T3,T4和T5都是紫色群中呈现的频率极明显的大于白色种群。以上实验说明在三角帆蚌抗不同内壳色分子辅助育种中Hic6基因的部分SNPs可以被作为候选分子标记。