近几年,我国经济形势发展迅速,已成功跃居世界第二大经济主体,在目前这种经济快速发展的时代,科技创新的作用不言而喻。为此,国家及各地政府纷纷投入大量的人力物力财力支持科技创新,同时也跟进出台了多部相关政策制度以保证其顺利进行。我国科研投入总量增加非常快,来源多元化特征越来越显著。面对如此大的科研投入,各级科研院所承担了大量的科研项目,同时也获得了相当可观的科研经费。与此同时,国家对科研经费的监管力度也越来越大,但对于日益增长的科研经费管理仍存在着一定的问题。本文以科研经费管理研究的理论分析为开始,结合我国目前整体的发展现状,通过H科研所这样一个二级科研院所科研经费管理的视角,展开对文献、案例的研究,从H科研所当前科研经费管理的现状着手,找出目前管理中存在的科研经费预算编制、间接经费核算、多类别项目造成的管理难度等方面问题,且采用相关数据辅助,将目前二级科研所科研经费管理中亟待解决的问题作出分析研究,同时借鉴国外成功经验,对二级科研所当前的经费管理提出强化预算管理、严格核算科研经费,加强监督等相应管理意见。