妨害传染病防治罪是我国《刑法》规定的较为特殊的罪名,该罪名只有在传染病爆发流行的非常状态下方有适用的可能性,在日常状态下则处于“休眠”状态。就此而言,妨碍传染病防治罪适用的情况折射出传染病爆发流行的状况和疫情防控的严峻形势。自2020年新冠疫情爆发流行以来,一度处于“休眠”状态的妨害传染病防治罪开始进入公众视野,并被司法机关频繁适用。在此背景下,学界开始以极大的热情关注以往“被忽略”的妨害传染病防治罪,所取得的研究成果可谓有目共睹,但当前的研究大都基于法教义学和法解释学的视角,从学理层面探讨该罪名的理解和适用问题,并没有揭示司法实践中法院对该罪名适用的实际样态。因此,有必要从实证角度,以司法裁判案例为素材,总结和分析法院对妨害传染病防治罪的裁判思路,揭示该罪名在司法适用过程中存在的问题和困惑,并提出相应的解决方案或对策。本文第一部分“妨害传染病防治罪的理论分析”。在简要阐述妨害传染病防治罪的立法沿革的基础上,从学理层面分析该罪名的构成要件,认为客体是国家对传染病防治的管理制度,不包括公共安全;客观方面要满足违反传染病防治法、实施特定行为、引起甲类传染病传播或者传播的严重危险以及行为和结果间具有因果关系;主体为一般主体,且范围不需要将“没有感染也不属于疑似的病人”排除在外;主观方面为过失更为合理。第二部分是妨害传染病防治罪的司法裁判分析。通过对67例司法裁判文书总结分析,揭示妨害传染病防治罪适用的整体情况及呈现的特点。围绕司法裁判案例,进一步深入分析法院对该罪名进行裁判的基本思路,包括“拒绝执行防控措施”、因果关系、“传播或者传播的严重危险”、犯罪主体、主观要件等方面的认定,并在此基础上揭示法院在裁判和罪名认定方面存在的突出问题。第三部分是妨害传染病防治罪适用的完善。针对司法实践中适用该罪时暴露出的问题,本部分提出相应的完善建议。首先,司法刑事机关在疫情期间适用该罪名应秉持宽严相济的理念,适应特殊时期的需要;其次,要统一“传播或者传播严重危险”的标准,造成传播后果的要明确导致他人被确诊的数量层级,且排除共同生活的家庭成员,引起传播严重危险的可以借鉴偶然性学说来判断具体危险是否存在;再次,可以通过引入疫学因果关系理论并借鉴域外关于科学证据的可采性标准、积极发挥专家辅助人制度的作用,明晰因果关系的认定;最后在对主观罪过认定时应采用一般人的标准,注意区分过于自信的过失和间接故意。