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溃疡性结肠炎(UC)是一种炎症性肠病，因其起病慢、易反复，存在癌变的可能，且发病率逐年增高，已成为研究热点领域。本文引入了分子对接技术，结合传统中医药理学和现代仪器分析等学科的理论及方法，以民间验方“五味肠炎宁”为研究对象，重点围绕五味肠炎宁抗菌抗炎化学物质基础、拆方（处方分析）、TNBS/乙醇致大鼠结肠UC病变模型和多指标定量指纹图谱进行了研究。主要结论如下：①基于药物设计中分子对接的基本原理及研究方法，依托文献和数据库，以组成中药复方五味肠炎宁的5味药材中的201个化学成分，及公认疗效显著的7个的西药成分作为标准对照，采用Surflex-Dock分子对接软件，将208个成分与相应5个抗菌靶点和2个抗炎靶点进行了分子对接。论文引入了相对分值（用“R”表示，R=药材成分分值/对照成分分值）来比较本复方抗菌抗炎药效结果，以超过相应对照成分分值（R≥1.0）和接近应对照成分分值（0.8≤R＜1.0）为指标评价标准，研究发现：1) R≥1.0的化学成分有3个，其中，来源于牛耳枫药材中的抗菌成分17-hydroxyhomodapniphyllic acid和抗炎成分Calyciphylline J、来源于辣蓼药材中的抗炎成分Quercetin-3-sulfate；0.8≤R＜1.0的抗菌和抗炎成分分别达61个和30个，表明本方具有广泛、可靠的抗菌和抗炎化学物质基础，印证了中药复方具有多靶向、多途径的治疗特点。2)以R≥0.8的化学成分个数计，各药材抗菌和抗炎百分比分别为，牛耳枫占37.10%和34.37%、辣蓼占25.81%和28.13%、白术占4.84%和9.38%、茯苓占12.90%和12.50%、广藿香占19.35%和15.63%，由高到低排序为：牛耳枫（君药）＞辣蓼（臣药）＞广藿香（使药）＞茯苓（佐药）＞白术（佐药），从化学成分药效模拟角度验证了各药材在本方中与传统中医的“君臣佐使”组方原则基本相符合。②按中医拆方理论及试验方法，将本方拆分为牛耳枫、辣蓼、白术和茯苓药对、广藿香试验组，加上本复方共5个试验组，通过建立体外抗菌，小鼠抗炎、健脾、止泻和解痉止痛动物模型，以MIC、肿胀度和OD、血清淀粉酶和D-木糖、4h排便次数、扭体次数和给药后不同时间痛阈为指标，考察了五味肠炎宁及其药材（或药对）在与UC有关的5个药效方面的作用。结果表明：1)五味肠炎宁对大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、变形杆菌、痢疾杆菌和伤寒杆菌6个菌种的MIC以生药计，分别为0.1984g/mL、0.0248g/mL、0.0992g/mL、0.7936g/mL、0.3968g/mL和0.0496g/mL；5味药材抗菌由强到弱排序为牛耳枫＞辣蓼＞广藿香（除大肠埃希菌外）＞白术和茯苓药对，体外抗菌结果与分子对接药效模拟基本一致。2)与正常对照组比较，五味肠炎宁、牛耳枫和辣蓼抗炎效果极显著（P<0.01），广藿香抗炎效果显著（P<0.05）；以肿胀度和光密度值来看，各药材抗炎由强到弱排序为：牛耳枫＞辣蓼＞广藿香＞茯苓和白术药对，小鼠抗炎结果与分子对接药效模拟基本一致。3)与模型组比较，五味肠炎宁和广藿香健脾效果显著（P<0.05），白术和茯苓药对健脾效果极显著（P<0.01）。4)与模型组比较，五味肠炎宁、牛耳枫、辣蓼、白术和茯苓药对止泻效果显著（P<0.05）。5)与正常组比较，五味肠炎宁、牛耳枫和辣蓼降低小鼠扭体次数极显著（P<0.01），广藿香显著降低扭体次数（P<0.05）；与正常组比较，五味肠炎宁、牛耳枫和辣蓼均极显著的提高小鼠在给药后60min和120min热板致痛痛阈时间（P<0.01），广藿香显著提高小鼠在60min和120min热板致痛痛阈时间（P<0.05），白术和茯苓药对显著提高小鼠在120min热板致痛痛阈时间（P<0.05）。③根据UC的发病部位为结肠粘膜的炎症及溃疡，建立了TNBS/乙醇致大鼠结肠病变动物模型，以一般状态和DAI、结肠组织病理形态学（肉眼观察、CMDI和光学显微镜观察）、细胞因子和氧自由基水平为评价指标，考察了五味肠炎宁高中低3种剂量的治疗效果，结果表明：1)不同剂量的五味肠炎宁对病变大鼠一般状态和结肠组织病理形态学均有明显的不同程度恢复。2)五味肠炎宁能降低病变大鼠血清中致炎细胞因子TNF-α和IL-8、升高抗炎细胞因子IL-10的含量；能降低大鼠结肠组织中MDA含量，增加SOD和GSH-Px含量，表明它通过下调致炎细胞因子和上调抗炎细胞因子、清除氧自由基，使大鼠免疫功能恢复正常和减轻结肠粘膜损伤及炎症。④基于指纹图谱的原理及研究方法，建立了本复方颗粒剂及原药材共有HPLC色谱模式下的多指标定量指纹图谱质量评价方法：1)据分子对接和相关成分药效报道，以没食子酸、绿原酸、茯苓酸、芦丁、白术内酯Ⅰ和芹菜素6个定量控制关键化学成分，对11批原药材及制成的颗粒进行了含量测定研究。2)考察了指纹图谱的精密度、稳定性、重复性、共有峰个数、峰面积和的百分比、相似度。结果表明所建立的多指标定量指纹图谱质量控制方法可行。综上，分子对接抗菌抗炎药效模拟、拆方试验和大鼠UC模型药效研究结果一致表明，“五味肠炎宁”是治疗UC的有效中药复方；Surflex-Dock分子对接结果较能准确反映中药复方真实药效，可有效揭示中药复方中化学成分的分子药效机理，是中药复方的药效评价、药效机制和质量控制研究中的重要手段；相关结果及研究方法，可为其它中药复方研发提供了新的思路和方法。