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在现今非人灵长类中，猕猴（Macaca mulatta）分布范围最为广泛，且栖息地类型多样。在我国，猕猴是一种常见的猴类。猕猴隶属哺乳纲（Mammalia）灵长目（Primates）猴科（Cercopithecidae）。关于猕猴的分子生物学方面的研究主要集中在大陆种群，而对岛屿猕猴的种群结构、遗传多样性及种群的演变历史等方面了解甚少。因此我们利用分子生物学技术探讨了岛屿猕猴的种群遗传结构及其分布格局形成的历史。
本研究以变异速率比较快的线粒体控制区作为遗传标记，运用系统发育分析方法、谱系生物地理学方法以及遗传变异参数分析等多种生物信息学的研究方法，以2个大陆种群（神农架猕猴种群和太行山猕猴种群）为对照，对来自海南岛南湾半岛、上川岛、内伶仃岛及香港九龙半岛4个海岛的猕猴种群进行系统的比较研究；并通过SRAP的扩增比较研究了南湾半驯化猕猴种群与野生猕猴种群的遗传多样性的差异，得到以下结果及结论：
1）成功扩增并测序了6个猕猴种群的67个个体的mtDNA控制区片段，得到了21个单倍型，各地理种群间无共享单倍型；
2）通过与其它几种灵长类控制区比较发现，本研究中的四个海岛猕猴种群遗传多样性处于一个较低的水平，其中南湾半岛的遗传多样性最低；
3）海岛种群间的分化程度高于它们各自与大陆种群的分化；
4）基于线粒体基因序列数据生成的系统树及单倍型网状图分析均可得出以下结论：来自同一地理种群的单倍型形成明显的族群，各单倍型呈现一种按地理分布的格局；
5）中性检验结果表明，四个海岛中仅南湾猕猴种群发生过种群扩张，扩张时间为1.4万年前；
6）在海岛猕猴种群原生性方面，尽管不能完全排除原生性的可能，本研究根据6个地理种群的遗传间距、分化程度及错配分析等数据，对珠江口岛屿猕猴种群的原生性提出新的质疑；
7）对南湾半驯化猕猴群体和野生群体进行SRAP扩增，筛选出16对引物组合，产生160条多态性条带。基于SRAP数据对半驯化群体和野生群体的遗传多样性进行分析，结果表明半驯化群体的遗传多样性要高于野生群体，这可能是半驯化群体周围存在的随群散猴造成的。