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本文对细菌16S—23S核糖体RNA基因间区序列分析及应用进行了探讨。本研究基于16S-23S rRNA基因序列在DNA测序基础上应用生物信息学软件进行细菌的同源序列比对，设计出阪崎肠杆菌的特异PCR引物和探针，开发了普通PCR，TaqMan探针荧光PCR，SYBR Green荧光PCR和DNA探针微阵列等多种检测阪崎肠杆菌以及两种SYBR Green荧光PCR方法检测肺炎克雷伯氏菌的方法。由于两种病菌rrn操纵子的长度多态性和类型的多重性，开发了单引物多重荧光PCR方法，该方法提高了检测的特异性和灵敏度。上述方法结合mLST与BHI的选择性培养基预培养阪崎肠杆菌和EE肉汤与BHI的选择性培养基预培养肺炎克雷伯氏菌，其检验灵敏度可以达到在100g婴儿配方奶粉中检测出小于10 CFU的阪崎肠杆菌和肺炎克雷伯氏菌。并且上述各种方法均实现了在48小时内完成快速检验。具有高灵敏度，高特异性和快速的特点。