苜蓿（Medicago spp.）是豆科植物中的优质多年生牧草,分布广泛,产量高,品质好,具有极高的经济和生态价值。苜蓿种质资源是苜蓿育种和改良的基础。然而,苜蓿种质资源的收集、保存和评价体系还不够完善,这严重制约了苜蓿的遗传改良和新品种的开发。植物新品种特异性（Distinctness）、一致性（Uniformity）和稳定性（Stability）（DUS）测试为目前国际通用种质鉴定和新品种评价方法。同时,DNA分子标记技术作为植物新品种DUS测试的辅助手段,为新品种鉴定提供新的依据。因此,制定适合中国苜蓿新品种鉴定及保护的DUS测试指南,建立紫花苜蓿（M.sativa）和杂花苜蓿（M.×varia Martyn）新品种鉴定体系具有重要意义。本研究通过对多种地理来源的70份苜蓿种质的形态性状、农艺性状和分子标记遗传多样性进行研究,揭示了苜蓿种质资源的丰富性和变异性。确定适用于中国苜蓿DUS测试的测试性状和标准品种,为苜蓿遗传育种和新品种的审定提供支持和依据。主要结果如下:1.苜蓿种质在形态性状间均存在丰富的遗传变异。其中,出现白色、黄色和乳白色花频率性状的变异系数最大;初花期的香农指数、辛普森指数和均一度指数在所有性状中最高。主成分分析和聚类分析表明,苜蓿种质间的遗传变异主要来自于秋、冬季和春季自然高度、茎秆长度、中央小叶性状、各花色的频率以及秋眠级等性状。形态性状间的聚类结果与品种的地理来源没有明显的关联性,且国外种质的秋眠级普遍高于国内种质。2.苜蓿种质农艺性状相关性及PCA分析表明,株高、总分枝数、叶面积指数、截光率和茎叶比等农艺性状均会显著影响苜蓿的草产量（P＜0.05）。与年产量的灰色关联度最高的农艺性状为总分枝数,其次为茎叶比和截光率。生长年限、种质以及两者的交互作用显著影响苜蓿产量（P＜0.05）。在河西走廊两年的试验中,紫花苜蓿‘WL319HQ’的总产量最高,达到15,729 kg ha-1。根据隶属函数分析,紫花苜蓿‘WL316’、‘WL354HQ’、‘甘农7号’、‘皇冠’和‘AF2631’等种质的综合性能较好;杂花苜蓿‘图牧1号’和‘公农3号’的综合性能较好。3.开发出23对可在紫花苜蓿种质中稳定扩增的MTmi R-SSR标记,共检测到90个等位基因,其中50个呈现多态性。期望杂合度（He）范围是0.15～0.83,平均为0.61;多态性信息含量（PIC）值在0.14～0.8之间,平均为0.55。通过构建系统发育树,将紫花苜蓿种质分成5个组群,但其聚类模式与地理分布之间的关联性不明显。4.确定了适用于苜蓿新品种DUS测试的20个测试性状,并筛选出21个性状表达稳定的标准品种,覆盖了61个表达状态中的46个,覆盖率达到75%。其中,紫花苜蓿品种‘天水’在7个表达状态中出现,频率最高。本研究通过对苜蓿种质的形态性状、农艺性状和SSR分子标记遗传多样性的系统性分析,为我国的苜蓿（紫花苜蓿和杂花苜蓿）DUS测试指南确定了测试性状和标准品种,建立了紫花苜蓿和杂花苜蓿新品种鉴定体系,为苜蓿新品种的培育、推广和保护提供科学依据。