海洋微表层是海洋与大气之间相互作用的一个重要界面，具有独特的物理、化学和生物性质。于2013年4月至2014年3月，对大亚湾大鹏澳海域的浮游植物群落结构及环境因子进行了周年调查，以了解浮游植物种类组成、数量分布及优势种类的周年动态，揭示微表层、次表层浮游植物群落结构特征。同时利用PCR-DGGE技术对浮游植物DNA指纹进行了研究，从遗传多样性角度揭示大亚湾海域微表层、次表层浮游植物群落结构。研究结果丰富了大亚湾微表层浮游植物群落结构信息，揭示了浮游植物群落结构的变化趋势，为大亚湾海洋环境的保护提供了科学依据。大亚湾海域浮游植物种类丰富，本调查共分析鉴定浮游植物142种（含变种），其中微表层132种，次表层128种。但是种类多样性指数和均匀度较低，结果说明近年来大亚湾生态环境趋于恶化。硅藻为浮游植物优势类群，硅藻的年均百分比含量约为54%；其次为甲藻，此外还出现了少量蓝藻、金藻、隐藻以及针胞藻种类。优势种属包括中肋骨条藻(Skeletonema costatum)、拟菱形藻(Pseudo-nitzschia)、角毛藻(Chaetoceros)、丹麦细柱藻(Leptocylindrus danicus)的常年优势种，以及脆根管藻(Rhizosolenia fragilissima)、大洋角管藻(Cerataulina pelagica)和斯托根管藻(Guinardiastriata)等某一特定时期的优势种。浮游植物数量也较高，微表层和次表层年平均值分别为2.07×106cells/L和1.48×106cells/L。从全年浮游植物数量分布来看，夏季数量较多，冬季次之，春秋季节相对较少，其中2月份中肋骨条藻的爆发导致了冬季高峰。微表层浮游植物群落结构与次表层一致，同样表现为硅藻占据绝对优势，种类丰富、种类多样性低等特征。微表层对浮游植物总数以及硅藻、甲藻具有一定富集作用，但是富集系数和富集率均不高，而对优势硅藻的富集作用比较明显。微表层和次表层真核浮游植物DNA指纹丰富程度相近，但微表层蓝细菌DNA指纹较为丰富，说明微表层对蓝细菌具有一定富集作用。真核浮游植物DNA指纹条带秋季较为丰富，冬季较低；而蓝细菌指纹条带也是高温季节的晚春至初秋较为丰富。DNA指纹的聚类分析结果显示微表层和次表层浮游植物DNA指纹差异不大，一般微表层和次表层分别聚在一起。虽然DNA指纹条带不能完全反映浮游植物种类丰富程度，但能够在一定程度上反映浮游植物优势种类的多样性；而在蓝细菌的DNA指纹图谱中，能得到更为全面、准确的蓝细菌分布信息。因此，PCR-DGGE技术可作为传统显微观察分析方法的有效补充，用于浮游植物群落结构分析。