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草鱼(Ctenopharyngodon idellus)是我国主要的淡水养殖品种,具有生长速度快、饲料来源广、养殖成本低、味道鲜美等优点,深受养殖者与消费者欢迎。但草鱼易患多种疾病,严重阻碍了草鱼养殖业的发展。草鱼出血病是养殖草鱼鱼种阶段最为严重的传染性疾病,其病原为草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV),给草鱼养殖业带来了巨大损失。草鱼出血病流行范围广、发病季节长,传播速度快,发病率与死亡率高,且治疗方法有限,只能以防为主,因此,建立草鱼出血病的快速检测方法对草鱼健康养殖具有十分重要的意义。环介导等温扩增(Loop-mediatedisothermal amplification,LAMP)技术是一种新型的核酸体外扩增技术。该技术不需要变温过程,在Bst聚合酶的作用下恒温即可进行反应,操作简单且扩增率高,特异性强,在LAMP的基础上,只需加入逆转录酶即可完成对RNA的一步法逆转录环介导等温扩增(Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)。
针对GCRV104株的S8节段序列(HM234682.2)设计特异性引物,对RT-LAMP扩增反应温度、反应时间、Mg2+浓度、Betaine浓度、dNTPs浓度、引物浓度等反应条件进行了优化,建立了GCRV的RT-LAMP检测方法,并对结果观察方法、反应灵敏度和特异性等进行了初步评价,在此基础上用建立的RT-LAMP方法对疑似患草鱼出血病的草鱼样本进行了检测。研究结果表明,扩增反应时间、Mg2+浓度、引物浓度是影响LAMP扩增的关键因素,其中最佳扩增时间为60 min,最佳Mg2+浓度为6 mmol/L,最佳引物浓度为内引物1.6μmol/L,外引物0.2μmol/L。其它条件对RT-LAMP扩增反应的影响较小。该方法具有良好的特异性,检测限为33 pg病毒核酸,灵敏度比RT-PCR法高10倍,与斑点叉尾鮰呼肠孤病毒(CRV)、鲤鱼春季病毒血症病毒(SVCV)、锦鲤疱疹病毒(KHV)及大鲵虹彩病毒(GSIV)等无交叉反应。采用琼脂糖凝胶电泳方法与SYBR Green I荧光染色法观察草鱼呼肠孤病毒RT-LAMP检测的结果,两种观察方法的灵敏度一致。采用本研究建立的方法对疑似患出血病草鱼进行检测,结果为阳性。
本研究建立的GCRV RT-LAMP检测方法特异性强,灵敏度高,操作简便,结果易判断,适合草鱼呼肠孤病毒的现场检测,对草鱼出血病的快速诊断与有效防控具有实际应用价值。