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核糖体RNA及相邻区域的二级结构研究，作为一个重要的工具，已在一些分类等级上被应用于系统发育的分析。以长苞铁杉为实验材料，通过克隆、测序，利用最小自由能原理预测nrDNA内转录间隔区及5．8S转录本的二级结构，分析它们的结构特点，探讨假基因化拷贝与功能拷贝结构上的差异。分析结果表明：（1）ITS1区的二级结构主要由几个延展的发夹结构组成，配对的亚重复单位在松科植物特有的保守序列处有部分重叠，未配对的亚重复单位通常能自身折叠，保守序列的部分碱基出现在发夹结构的环中；（2）假基因化拷贝二级结构的自由能比正常拷