他1999年被选拔为兵团学术技术带头人后，先后主持省部级科研项目20多项，其中近五年主持或参加省部级科研项目10多项。2003-2005年他是科技部西部专项机采棉综合配套技术产业化与示范的首席专家；2004-2006年他主持科技部成果转化项目特早熟长绒棉“新海22号”的中试与示范；在十一五期间，他主持国家科技支撑计划杂交棉种质资源创新及强优势组合选育（经费386万元），率领项目组选育出杂交棉品种4个，推广杂交棉509万亩（其中自育新品种29.9万亩），创经济效益14.19亿元，2010年获科技部十一五国家科技计划执行突出贡献奖。
　　他就是新疆农垦科学院棉花所书记兼副所长邓福军，邓福军长期致力于棉花育种、栽培、农业技术管理、技术服务与技术推广工作，作为新疆兵团学术技术带头人，兼任新疆土壤肥料学会理事，新疆农学会理事、新疆兵团作物学会常务理事、新疆品种审定委棉花专业组副组长，新疆兵团棉花学会理事长、新疆石河子大学硕士生导师。
　　多年来，邓福军主持或参加选育出棉花新品种12个，获得省级及省级以上科技进步奖15项。其中参加选育出长绒棉新品种新海8号，获1989年兵团科技进步二等奖；参加完成大面积推广复播绿肥丰产配套栽培项目，1993年获农业部丰收二等奖；参加完成棉花高产优质及地膜回收技术推广项目，1995年获农业部丰收二等奖；2004年选育出特早熟长绒棉新品种新海22号，填补了北疆不能种植长绒棉的历史空白，并于2005年获兵团科学技术进步二等奖。2005年2月选育出彩色棉新品种新彩8号，2006年获兵团科技进步三等奖。2008年11月主持完成的机采棉综合配套技术产业化开发与示范获兵团科技进步三等奖。参加完成的新陆早33号选育及推广，2011年获兵团科技进步一等奖。主持完成的杂交棉新品种选育及配套技术研究与示范2012年获兵团科技进步一等奖。主持选育出的棉花新品种“新陆早45号”被确定为2012年石河子主推品种，推广125万亩。参加编写的《新疆棉花苗情诊断图谱》科普书，多次再版，发行2.6万册，2009年获农业部、中国农学会中华农业科技奖。主持编写的职业技能鉴定教材《农艺工-棉花》再版6次，发行16.4万册，深受农工和广大读者的欢迎。先后在《新疆农垦科技》、《中国棉花》、《世界农业》等省或省级以上刊物发表学术论文50多篇；曾十多次被评为深受读者喜爱的好文章。其中，1992年4月论文入选参加了在人民大会堂召开的中国科协首届青年学术年会和1999年在杭州召开的中国科协首届学术年会。
　　在主持多项科研工作的同时，根据兵团棉花生产发展的需要和兵团农业局、科技局的统一安排，邓福军率服务组赴农六师红旗农场、29团、30团、130团进行科技服务与扶贫工作。2000年赴农六师红旗农场进行科技服务，使红旗农场棉花籽棉单产由上年的110-130kg提高到205kg；2001年赴农二师29团进行科技服务工作，创该团植棉面積、总产、单产均创历史最好水平；2002年，赴农二师30团技术服务，推动了该团棉花高产、高效综合技术的推广，棉花生产水平名列全师上游；2007—2009年赴农七师130团技术服务，带动了该团产业结构的调整，促进了高产高效农业的发展。
　　邓福军坚持在生产一线进行科技服务，通过举办培训，提高棉农素质；通过田间指导和现场咨询，提高棉农植棉水平；通过试验与示范，确定当地最适宜的栽培技术；每年分赴各师植棉团场，针对兵团棉花生产在品种布局、栽培技术、综合防治、种子生产方面存在的问题等进行考察、现场咨询、指导、决策、提出建议。在工作方法上，他坚持定期检查与评比，无论是半年检查还是年末总结，都能针对项目进展、存在问题，及时协调人员与资金，从严管理，坚持实事求是、密切协作原则。品种审定后，与相关师局协商棉花制种、试验示范，注重新品种、新技术的推广与培训。
　　多年来，邓福军在棉花育种、栽培和技术服务行业取得了巨大的成绩，为推动我国棉花生产乃至农业的发展做出了不可替代的贡献！