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用AFLP分子标记技术对芸香科Rutaceae柑橘亚科Aurantioideae真正柑橘果树类(the True Citrus Fruit Trees Group)6属植物的59个生物类型以及九里香Murraya exotica L.、蚝壳刺Severinia buxifolia Tenore和酒饼簕Atalantia buxifolia Oliv.进行了分析。从64对引物组合中筛选出15对分辨率好的引物对全部材料进行了扩增,共获得312条带,其中多态型带305条,多态位点达97.8%。利用PAUP软件构建了全部材料基于AFLP数据的UPGMA距离树。结果表明,AFLP证据支持基于形态特征建立的真正柑橘果树群以及群内各属的划分,只是金柑属Fortunella Swingle作为一个独立的分支嵌于柑橘属CitrusL.内。对于柑橘属,我们的分子证据支持Swingle关于亚属的划分以及Scora等关于C.medica、C.grandis和C.reticulata是真正柑橘亚属subgen.Eucitrus三个基本种的观点。AFLP分子证据显示宜昌橙C.ichangensis Swingle位于真正柑橘亚属中,与香橙C.junos Sieb.exTanaka的亲缘关系最近,而与大翼橙亚属subgen.Papeda中马蜂柑C.hystrix DC.相隔甚远。另外,莽山野橘C.mangshanensis S.W.He & G.F.Liu在系统树上居于宽皮柑橘类的基部。最后,对真正柑橘果树群6属植物间以及柑橘属各主要类型(种)的进化关系进行了详细的讨论。