【目的】利用ISSR标记和ITS序列分析方法,对11份柴胡种质进行鉴定和亲缘关系分析,为柴胡种质资源利用和进化分析提供理论依据。【方法】以取自不同省份的11份柴胡干品为材料,提取其基因组DNA,进行ISSR分析,利用DPS(V7.5)软件计算遗传距离,利用UPGMA方法进行聚类分析,构建11份柴胡样品的系统进化树。同时,利用ITS引物对柴胡样品进行PCR扩增和测序,利用DNAMAN软件分析11份柴胡种质的ITS序列,对其遗传相似性进行鉴定。【结果】从100条ISSR引物中筛选出21条扩增谱带清晰、多态性高的引物,利用这21条引物从11份柴胡样品中共获得185条扩增条带,其中156条条带呈现多态性,多态性条带比例为84.3%。11份柴胡样品间遗传距离为0.458 8~0.782 2,表明这11份柴胡样品间遗传基础较狭窄;聚类结果将11份柴胡样品分成2大类,大部分来源相同或相近的柴胡样品聚在一起。ITS序列分析结果表明,11份柴胡样品的ITS序列均长321bp,也可以分为2类,部分柴胡样品存在同质异名现象。【结论】利用ITS技术或将其与ISSR标记相结合对柴胡种质资源进行鉴定和分析,可以提高柴胡种质资源鉴定的准确性和效率。